Acidòfil

Els organismes acidòfils són aquells que prosperen sota condicions àcides (normalment amb un pH de 2,0 o per sota). Aquests organismes es poden trobar en diferents branques de l'arbre de la vida, incloent Archaea, Bacteris, i Eucariotes. Una llista parcial d'aquests organismes inclou:

• Archaea
  • Sulfolobales, un ordre dins la branca Crenarchaeota of Archaea
  • Thermoplasmatales, un ordre dins Euryarchaeota d'Archaea
  • ARMAN, dins Euryarchaeota d'Archaea
  • Acidianus brierleyi, A. infernus, anaerobi facultatiu termoacidòfil
  • Metallosphaera sedula, termoacidòfil
• Bacteris
  • Acidobacterium,^[1] un fílum de bacteris
• Acidithiobacillales, un ordre de Proteobacteria per exedmple A.ferrooxidans, A. thiooxidans
  • Thiobacillus prosperus, T. acidophilus, T. organovorus, T. cuprinus
  • Acetobacter aceti, que produeix àcid acètic (vinagre) oxidant etanol.

La majoria dels organismes acidòfils han evolucionat mecanismes molt eficients de bombejar protons fora de l'espai intracel·lular per tal de mantenir el citoplasma a, o prop, del PH neutre. Per tant, a les proteïnes intracel·lulars no els ha calgut desenvolupar estabilitat davant els àcids a través de l'evolució. Tanamateix altres acidòfils, com Acetobacter aceti, tenen un citoplasma acidificat que ha forçat a gairebé totes les seves proteïnes a desenvolupar estabilitat davant els àcids.^[2] Per aquest motiu, Acetobacter aceti ha passat a ser una font valuosa per entendre els mecanismes pels quals les proteïnes poden tenir estabilitat davent l'acidesa.

• Cooper, J. B.; Khan, G.; Taylor, G.; Tickle, I. J. & Blundell, T. L. «X-ray analyses of aspartic proteinases. II. Three-dimensional structure of the hexagonal crystal form of porcine pepsin at 2.3 A resolution». J Mol Biol, 214, 1, juliol 1990, p. 199–222. DOI: 10.1016/0022-2836(90)90156-G. PMID: 2115088.
• Bonisch, H.,; Schmidt, C. L.; Schafer, G. & Ladenstein, R. «The structure of the soluble domain of an archaeal Rieske iron-sulfur protein at 1.1 A resolution». J Mol Biol, 319, 3, juny 2002, p. 791–805. DOI: 10.1016/S0022-2836(02)00323-6. PMID: 12054871.
• Schafer, K.; Magnusson, U; Scheffel, F; Schiefner, A; Sandgren, MO; Diederichs, K; Welte, W; Hülsmann, A; Schneider, E; Magnusson, U.; Scheffel, F.; Schiefner, A.; Sandgren, M. O.; Diederichs, K.; Welte, W.; Hulsmann, A.; Schneider, E. & Mowbray, S. L. «X-ray structures of the maltose-maltodextrin-binding protein of the thermoacidophilic bacterium Alicyclobacillus acidocaldarius provide insight into acid stability of proteins». J Mol Biol, 335, 1, gener 2004, p. 261–74.. DOI: 10.1016/j.jmb.2003.10.042. PMID: 14659755.
• Walter, R. L.; Ealick, S. E.; Friedman, A. M.; Blake, R. C. 2nd; Proctor, P. & Shoham, M. «Multiple wavelength anomalous diffraction (MAD) crystal structure of rusticyanin: a highly oxidizing cupredoxin with extreme acid stability». J Mol Biol, 263, 5, novembre 1996, p. 730-51.. DOI: 10.1006/jmbi.1996.0612. PMID: 8947572.
• Botuyan, M. V.; Toy-Palmer, A.; Chung, J.; Blake, R. C. 2nd; Beroza, P.; Case, D. A. & Dyson, H. J. «NMR solution structure of Cu(I) rusticyanin from Thiobacillus ferrooxidans: structural basis for the extreme acid stability and redox potential». J Mol Biol, 263, 5, 1996, p. 752–67.. DOI: 10.1006/jmbi.1996.0613. PMID: 8947573.
• Kelch, B. A.; Eagen, K. P.; Erciyas, F. P.; Humphris, E. L.; Thomason, A. R.; Mitsuiki, S.; Agard, D. A. «Structural and Mechanistic Exploration of Acid Resistance: Kinetic Stability Facilitates Evolution of Extremophilic Behavior». J Mol Biol, 368, 3, maig 2007, p. 870–883. DOI: 10.1016/j.jmb.2007.02.032. PMID: 17382344.

• Neutròfil (uns tipus de granulòcits que s'anomenen neutròfils, també es refereix als organismes que viuen en pH neutre)
• Eosinòfil (unes parts del citoplasma de vegades anomenats acidòfils)