Animal Health Ontology for Livestock

Animal Health Ontology for Livestock (ou AHOL, en français : « Ontologie de la santé des animaux d'élevage ») est un système d'ontologie développé en France par l'INRAE, permettant d'harmoniser et de mettre en correspondance les informations relatives aux maladies susceptibles d'être contractées par les animaux domestiques d'élevage. Ce système a été enrichi dans les domaines de l'élevage porcin et de la cuniculture.

Définition

AHOL décrit et organise les caractéristiques des maladies des animaux d’élevage, dans un contexte où il n'existait encore aucune ontologie disponible pour le grand public dans ce domaine[1]. Il s'agit d'organiser ces informations d'une manière qui les rende compréhensibles par des machines[2], et de faciliter le partage de ces mêmes informations relatives aux maladies animales[3],[4]. La création de cette ontologie intervient après celles de l’Animal Trait Ontology for Livestock en 2009, et de l’Environment Ontology for Livestock en 2013[3].

L'AHOL distingue les maladies transmissibles, les maladies génétiques, les maladies infectieuses et les maladies non transmissibles[5]. Les symptômes sont catégorisés en branches, similaires à ce qui est déjà fait en ontologie pour les maladies humaines[6]. L'objectif est de fournir une source d'informations fiables et utile aux chercheurs, vétérinaires, à l'industrie, et aux éleveurs[7].

Déploiement et mises en application

La première version de cette ontologie est déposée sous licence Etalab par Jérôme Bugeon et Matthieu Reichstadt, le [2].

En 2023, AHOL est enrichie de données permettant d'identifier 105 maladies du porc à partir de leurs causes et de leurs symptômes[1].

L'année suivante, en 2024, les données de 60 maladies propres aux lapins sont ajoutées à l'ontologie[3]. Chacune d'elles est intégrée à une arborescence[3].

Il est prévu qu'à terme, AHOL permette de naviguer entre les informations de maladies qui touchent plusieurs espèces animales de rente[1].

Notes et références

  1. Leblanc-Maridor et al. 2023.
  2. Bugeon et Reichstadt 2019.
  3. Gunia et al. 2024, p. 625.
  4. ↑ Leblanc-Maridor et al. 2023, p. 395.
  5. ↑ « AHOL Diseases », sur www.umrh.inrae.fr (consulté le ).
  6. ↑ Gunia et al. 2024, p. 626.
  7. ↑ Gunia et al. 2024, p. 627.

Annexes

  • [Bugeon et Reichstadt 2019] Jérôme Bugeon et Matthieu Reichstadt, Animal Health Ontology for Livestock, (DOI 10.15454/KKZ3TS, lire en ligne)
  • [Leblanc-Maridor et al. 2023] (en) M. Leblanc-Maridor, C. Ferret, M.C. Meunier-Salaün et M. Gunia, « 107. The AHOL (Animal Health Ontology for Livestock) ontology for integrating data on the main diseases of farmed animals: An example in the pig sector », Animal - science proceedings, vol. 14, no 5,‎ , p. 699–700 (DOI 10.1016/j.anscip.2023.06.109, lire en ligne Accès libre [PDF], consulté le )
  • [Gunia et al. 2024] Mélanie Gunia, Mily Leblanc-Maridor, Sylvie Combes, Hervé Garreau et Olivia Petitjean, « The AHOL (animal health ontology for livestock) ontology for integrating data on the main diseases of farmed animals: an example for the rabbit sector », World Rabbit Congress, Tarragona, Espagne, World Rabbit Science Association; Institute of Agrifood Research and Technology; Association Espanola de Cunicultura,‎ , p. 625-628 (HAL hal-04731253, lire en ligne Accès libre [PDF])
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