Habitat marin

Un habitat marin correspond à un milieu naturel océanique ou littoral, pouvant être associé au fond (habitat benthique) ou à la colonne d’eau (habitat pélagique). Il se définit par la combinaison de conditions physiques et chimiques - telles que la température, la salinité, la profondeur, la dynamique des courants ou la nature du substrat - ainsi que par les espèces qui y sont présentes. Cette interaction entre l’environnement et les espèces engendre une multitude de configurations écologiques, chacune offrant des conditions spécifiques d’installation, d’alimentation, de reproduction ou de développement pour les espèces^[1].

En écologie, la notion d’habitat renvoie à la fois aux composantes physico-chimiques du milieu (le biotope) et à l’ensemble des êtres vivants qui y interagissent (la biocénose)^[2]. Dans le milieu marin, certaines espèces dites architectes jouent un rôle structurant en modifiant leur environnement et en favorisant l’installation d’autres organismes : c’est le cas par exemple de certaines colonies coralliennes ou les hermelles, qui construisent des récifs, des herbiers de posidonie ou des bancs de maerl, qui créent des zones favorables à de nombreuses autres espèces^[3]. Dans ce cas, on parle d’habitat marin biogénique.

Les habitats constituent des environnements essentiels pour la biodiversité et jouent un rôle central dans le fonctionnement des écosystèmes marins^[4]. Au sein d’un écosystème, les habitats s’entremêlent en un continuum soumis au mouvement océanique permanent.

Plusieurs classifications des habitats naturels existent aux échelles nationales et européenne.

À l’échelle européenne, le système EUNIS (European Nature Information System), développé par l’Agence européenne pour l’environnement, propose une classification hiérarchisée des habitats, marins et terrestres, qui permet d’harmoniser les données et de faciliter les comparaisons entre États membres^[5].

Les habitats d’intérêt communautaire, définis dans le cadre de la Directive Habitats-Faune-Flore de l’Union européenne, correspondent à des habitats naturels jugés rares, menacés ou remarquables^[6], dont la conservation nécessite la désignation de Zone Spéciale de Conservation (ZSC). Parmi les habitats d’intérêt communautaire (HIC), certains sont considérés comme prioritaires. Il s’agit d’habitats naturels menacés de disparition pour lesquels la Commission européenne reconnaît une responsabilité particulière de conservation, en raison de l’importance de leur aire de répartition au sein du territoire européen. Dans l’annexe I de la Directive Habitats-Faune-Flore, ces habitats prioritaires sont signalés par un astérisque.

En France métropolitaine, on dénombre et considère 9 habitats d’intérêt communautaire marin^[1] :

• 1110 - Bancs de sable à faible couverture permanente d’eau marine
• 1120* - Posidonies (Posidonia oceanicae)
• 1130 - Estuaires
• 1140 - Replats boueux ou sableux exondés à marée basse
• 1150* - Lagunes côtières
• 1160 – Grandes criques et baies peu profondes
• 1170 – Récifs
• 8330 - Grottes marines submergées ou semi-submergées

En France, la typologie NatHab^[7],[8] de l’INPN (Inventaire national du patrimoine naturel) constitue la référence nationale pour la description et la cartographie des habitats.

Exemples d’habitats marins particuliers

Algues coralligènes en Méditerranée.

Champ de blocs.

Herbier de posidonies.

Banc de maërl en rade de Brest.

Forêt de laminaires à Molène.

Enfin, HabRef est un référentiel national français (France hexagonale et ultramarine) réunissant les versions de référence des typologies d’habitats et de végétations (terrestres et marins) existantes. Ce référentiel a la particularité de réunir les correspondances entre ces typologies.

Les habitats marins sont indispensables et remplissent des fonctions écologiques majeures : ils sont des zones de reproduction, de nurserie, de repos, d’alimentation essentielles à la vie de l’ensemble des espèces. Certains de ces habitats, de par le nombre d’espèces abritées, sont considérés comme des hotspot de biodiversité, comme les récifs tropicaux, les herbiers de posidonie ou le maërl atlantique^[3].

Les habitats marins rendent à l’humanité des services écosystémiques, qui nous sont indispensables en assurant la croissance et le renouvellement des ressources halieutiques importantes (poissons, coquillages, crustacés et algues) exploitées notamment par la pêche professionnelle et récréative (17 % des apports protéinés consommés par l’humanité sont d’origine marine^[9]). De plus, une grande partie de notre pharmacopée est issue des 20 000 molécules marines exploitées.

Les habitats marins participent à la régulation planétaire en produisant la moitié de l’oxygène que nous respirons, en séquestrant 30 % du carbone que nous produisons et en absorbant 90 % de l’excès de chaleur généré par l’activité humaine. Ils filtrent l’eau en épurant les pollutions déversées en mer, et contribuent également à la protection du littoral en limitant l’érosion et en amortissant les effets des tempêtes et de la houle^[10].

Les habitats naturels présentent une dimension culturelle importante, liée au tourisme littoral qui permet le développement d’activités nautiques comme la plongée sous-marine ou la plaisance, tout en représentant une valeur patrimoniale et paysagère forte qui contribue à l’attractivité du littoral en France.

Compte tenu de leur importance, les habitats marins sont suivis depuis quelques décennies par des techniques de plus en plus pointues. Le perfectionnement des technologies permet ainsi de cartographier les fonds marins jusqu’à de très grandes profondeurs. Certains plongeurs ne peuvent travailler que jusqu’à près de 200 mètres de profondeur, alors que les drones et les ROV prospectent les fonds jusqu’à près de 11 000 mètres de la surface.

Au niveau mondial, les habitats marins subissent une érosion accélérée de leur biodiversité en raison du réchauffement des eaux, de l’acidification, de la désoxygénation, de l’élévation du niveau de la mer, de la surpêche, de la pollution (notamment plastique) et de la destruction physique des habitats. La pollution plastique devrait doubler d’ici 2030, avec des conséquences graves pour la biodiversité, le climat et la santé humaine^[11].

On estime aujourd’hui que plus de 70 % des océans sont exposés à des pressions fortes, notamment par la pêche industrielle, et la durabilité des ressources halieutiques a fortement diminué depuis les années 1970. Le rapport First World Ocean Assessment des Nations Unies indique que la capacité de l’océan à absorber les pressions humaines est proche ou a déjà atteint ses limites^[12].

En Europe, 81 % des habitats marins protégés sont dans un état de conservation « médiocre ou mauvais », selon le dernier rapport de l’Agence européenne de l’environnement (septembre 2025). Les principales menaces restent la surpêche, la pollution, l’artificialisation des côtes et le changement climatique. Malgré des efforts de protection (comme le réseau Natura 2000), les résultats restent insuffisants pour inverser la tendance^[13].

En France, les dernières évaluations démontrent que 94 % des habitats marins et côtiers d'intérêt communautaire évalués en métropole sont en mauvais état^[4]. L’état de conservation d’un habitat est évalué comme défavorable si un des critères suivants ne respecte pas un seuil défini pour chaque habitat : aire de répartition, surface occupée par chaque habitat, caractéristiques structurelles et fonctionnelles de l’habitat et perspectives futures de maintien de celui-ci^[14].

Face au constat de dégradation des habitats marins, des engagements internationaux ont été pris pour limiter les pollutions, pour gérer et maitriser l’exploitation des ressources vivantes, pour protéger les espaces le plus importants et pour règlementer le commerce des espèces en danger d’extinction.

Ces engagements se traduisent à l’échelle européenne et nationale par trois types de stratégies. Ces stratégies sont imbriquées et déployées en France dans le cadre de Documents stratégiques de façade (DSF) ou de bassins (DSB) qui apportent une cohérence des actions publique afin d’atteindre un bon état du milieu marin répondant à la directive-cadre stratégie pour le milieu marin (DCSMM)^[15].

Il s’agit de la stratégie des aires protégées. À l’échelle européenne, la conservation des habitats marins repose notamment sur la Directive Habitats-Faune-Flore qui a permis l’identification et la désignation d’habitats d’intérêt communautaire intégrés au réseau Natura 2000 en mer permettant de protéger 9 types d’habitats marins en contrôlant l’impact des usages qui s’y exercent. Ce sont ainsi 2725 sites marins qui ont été identifiés, représentant 10 % des eaux européennes^[16]. En France, les aires marines protégées (AMP) regroupent 11 statuts (chaque statut correspondant à un usage précis) qui ciblent la protection des écosystèmes via des mesures pouvant aller de la sensibilisation et formation des usagers, jusqu’à l’interdiction totale d’usages dans les cas les plus sensibles. Parmi ces AMP, on peut citer les sites Natura 2000 en mer, les parcs naturels marins (PNM), les réserves naturelles (RN) et les parcs nationaux (PN) ayant une partie maritime.

Exemples d'espèces protégées

Posidonia oceanica

Tortue verte (Chelonia mydas)

Cladocora caespitosa

En France, de nombreuses espèces bénéficient d’un statut de protection national^[17] ou régional. Ainsi, la plupart des mammifères marins, des tortues marines et des coraux profonds sont protégés. Ces espèces sont protégées seules ou avec leur habitat, ce qui en fait des espèces dites parapluies, ce qui signifie que leur protection bénéficie à tout l’écosystème. C’est le cas des espèces de coraux d’eaux froides pour la protection des récifs profonds d’Atlantique et de Méditerranée, des dattes de mer pour la protection des grès de plage de Méditerranée, ou des coraux tropicaux pour la protection des récifs coralliens des Antilles, de la Réunion et de Mayotte.

En France, certaines espèces sont protégées uniquement régionalement. C’est le cas des zostères en tant qu’espèces, protégées localement dans les régions Provence-Alpes-Côte d'Azur, Aquitaine, Basse-Normandie et Poitou-Charentes^[18]. Il est interdit dans ces territoires et dans leurs eaux marines, de détruire, couper, mutiler, arracher, cueillir ou enlever, le colportage, l’utilisation, la mise en vente, la vente ou l’achat de tout ou partie des espèces sauvages de zostères. L’interdiction de destruction, de coupe, de mutilation et d’arrachage hors établissement de cultures marines pour la région Poitou-Charentes, sur les parcelles habituellement cultivées^[19].

Dans l’ensemble des eaux européennes, le règlement CE-1967/2006 protège depuis 2006 les habitats profonds situés au-delà de 1 000 mètres de profondeur, par une interdiction de pêche aux arts trainants (pêche benthique). En Atlantique, cette interdiction s’étend depuis 2016 à une interdiction de pêche benthique au-delà de 800 mètres de profondeur.

Dans les eaux européennes de Méditerranée, les herbiers marins, le maërl et le coralligène sont protégés par le règlement européen 1967/2006 qui interdit les arts trainants sur les zones qui abritent ces habitats. Les herbiers de posidonie sont protégés dans les eaux françaises de Méditerranée par des arrêtés départementaux d’interdiction de mouillage des navires de plus de 24 mètres, comme par exemple en Hérault^[20].

En 2022, du large de l’Irlande jusqu’au large du Portugal, le règlement européen 2022/1614 a délimité 87 zones abritant ou susceptibles d’abriter des écosystèmes marins vulnérables qui sont interdites à la pêche benthique au-delà des 400 mètres de profondeur^[21].

En France, les Arrêtés préfectoraux de protection des biotopes (APB) et les arrêté préfectoral de protection des habitats naturels (APHN) permettent de protéger des habitats particuliers en règlementant très précisément des usages impactants^[22]. Par exemple les récifs d’hermelles sont protégés par un APHN en Baie du Mont Saint Michel.

Une maitrise des pressions par la mise en œuvre effective de l’évaluation environnementale et de la séquence Éviter-Réduire-Compenser appliquée aux usages du domaine marin. Cette stratégie permet d’obliger toutes les plans, programmes, projets et manifestations à mettre en œuvre les mesures nécessaires pour atteindre autant que possible l’objectif de zéro perte nette de biodiversité.

Le Life Marha (Marine Habitats) est un projet mené de 2018 à 2025 par l’Office français de la biodiversité et 13 établissements de recherche et de gestion, qui vise à rétablir et maintenir le bon état de conservation des habitats naturels marins en France hexagonale. Co-financé par le fonds européen LIFE et le ministère chargé de l’Écologie, le Life Marha a pour objectif de comprendre les raisons du manque d’efficacité de la politique Natura 2000 en France, et à rechercher, tester et déployer des solutions pour y répondre^[23].

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