Juan Gomis devient coureur professionnel en 2002 dans l'équipe continentaleportugaiseLA Alumínios-Pecol-Bombarral. Après une saison passée au sein de Saunier Duval-Prodir, il rejoint la Comunidad Valenciana en 2005. En , il fait partie des coureurs cités dans l'affaire Puerto. Il est blanchi le mois suivant par la justice espagnole, comme plusieurs de ses coéquipiers[1]. Cette affaire est cependant fatale à l'équipe Comunidad Valenciana, qui disparaît en fin de saison. Juan Gomis retourne alors au Portugal dans la formation Vitória-ASC-RTL.