Microbiote oculaire humain

Le microbiote oculaire est l'ensemble des micro‑organismes commensaux et pathogènes présents sur ou dans l'œil. Il contribue à la régulation du métabolisme, au développement du système immunitaire et à la défense contre les infections. Son déséquilibre peut entraîner une prolifération pathogène responsable d'inflammations locales ou systémiques et de diverses maladies oculaires.

La surface oculaire (cornée + conjonctive + film lacrymal + paupières), est une interface humide entre l'œil et l'environnement, constamment exposée aux microbes présents dans l'air et en contact avec le microbiote cutané.

Les larmes contiennent du lysozyme capable d'éliminer des bactéries (la densité microbienne est normalement plus faible dans les larmes que sur la conjonctive ou les paupières), et des études de culture microbienne, faites depuis 1930 ont confirmé l'existence d'un microbiote oculaire^[1],[2], longtemps supposé stérile quand l'œil est en bonne santé, est désormais reconnue comme un environnement paucibactérien (seulement environ 6 bactéries pour 100 cellules humaines sur la surface) qui est notamment étudié par le projet Ocular Microbiome Project^[3].

Le corps vitré et l'humeur aqueuse constituent un milieu favorable à la croissance microbienne, où des bactéries comme Bacillus subtilis ou Propionibacterium acnes ont été identifiées, cette dernière étant suspectée de jouer un rôle dans l'uvéite sarcoïdosique.L'existence d'un microbiote à l'intérieur de l'œil (milieu longtemps considérée comme stérile), est évoquée, mais encore incertaine^[3]. Il peut être contaminé lors de chirurgies, traumatismes, pathologies vasculaires ou par propagation neurologique de certains microbes et virus (le virus de la rage par exemple peut gagner l'intérieur de l'œil via le nerf optique, entraînant des infections graves dont l'endophtalmie et des atteintes virales ; Borrelia burgdorferi, responsable de la maladie de Lyme est parfois (dans 1 % des cas diagnostiqués et inventoriés) retrouvée dans l'œil où elle peut causer des uvéite, conjonctivite, kératite ou neuropathie optique ; l'œil pouvant servir de réservoir secondaire à la bactérie)^[1].

Les analyses métagénomiques^[4] montrent que cette communauté microbienne qui est chez l'Humain composée notamment de bactéries des genres Corynebacterium, Staphylococcus et Streptococcus, joue un rôle crucial dans la santé de la surface oculaire (régulation du métabolisme et défense contre les infections), mais son déséquilibre peut entraîner une prolifération pathogène et des inflammations locales ou systémiques^[1],[5].

Le microbiome oculaire comprend aussi des champignons microscopiques, dont le déséquilibre peut provoquer des maladies graves comme la kératomycose, ou aggraver des troubles auto‑immuns tels que le syndrome de Sjögren, caractérisé par une sécheresse oculaire douloureuse^[3].

Par exemple, une étude descriptive (sur 137 adultes sains, par séquençage 16S rRNA) a trouvé un microbiome peu diversité et dominé par le genre Staphylococcus avec en moyenne 88 genres et un indice de Shannon de 0,65, avec 9 profils distincts^[6].

Comprendre ces déséquilibres (dysbiose) de ce microbiote, associés à des pathologies, telles que le glaucome (associé à une surreprésentation de Pseudomonas et Acinetobacter), la blépharite et la conjonctivite, cette dernière étant majoritairement virale, ouvre la voie à une meilleure compréhension du rôle du microbiote oculaire dans le diagnostic et la personnalisation des traitements^[3].

Des recherches pointent l'existence d'un axe intestin-œil (gut-eye axis), montrant que la dysbiose du microbiome intestinal peut à son tour impacter la santé oculaire, notamment dans le cadre du syndrome de Sjögren et de la dégénérescence maculaire liée à l'âge. Environ 10 % des personnes atteintes de maladies inflammatoires chroniques de l'intestin présentent aussi des troubles oculaires de type conjonctivite, uvéite ou épisclérite^[3] ; des études de séquençage et de multiomique plaident pour l'existence d'un « axe intestin‑œil », explorée, ouvrant potentiellement une voie à des stratégies thérapeutiques ciblant les microbes commensaux pour réduire l'inflammation oculaire.

La Recherche évoque aussi une possible voie de « dialogue » (« crosstalk » poumon‑œil) entre poumons et yeux (l'œil n'est relié que par le canal lacrymal au nez), et un impact possible des lentilles de contact sur le microbiome oculaire, en lien avec des mécanismes communs comme le stress oxydatif et les dysfonctionnements vasculaires. Des chercheurs, dont ceux du Ocular Microbiome Project, explorent des stratégies thérapeutiques futures, notamment l'utilisation de bactéries génétiquement modifiées (biothérapeutiques) ou de probiotiques pour l'œil, dans le but de moduler l'immunité locale et de traiter la cause plutôt que les seuls symptômes des maladies oculaires^[3].

Aucune preuve directe n'atteste encore l'existence d'un véritable microbiome intraoculaire, mais des différences de communautés microbiennes ont été observées selon les maladies oculaires, soulevant la question de leur éventuelle symbiose avec l'hôte et/ou de leur implication dans la santé et la pathologie de l'œil^[1].

• Cet article est partiellement ou en totalité issu de l'article intitulé « Microbiote » (voir la liste des auteurs).

• Patrice Debré, L'Homme microbiotique, Paris, Éditions Odile Jacob, 2015, 288 p. (ISBN 978-2-7381-3337-3, lire en ligne).
• Joël Doré, Karine Clément, Stanislav Ehrlich et Hervé Blottière, « Microbiote intestinal : les bienfaits de la diversité », Pour la Science, n^o 469,‎ novembre 2016, p. 54-59.
• Giulia Enders, Le Charme discret de l'intestin. Tout sur un organe mal-aimé, Éditions Actes Sud, 2015, 288 p. (lire en ligne).
• Raphaël Kellman, Quand l'intestin s'en mêle, Larousse, 2015, 288 p. (lire en ligne).
• Jérôme Manetta, Micronutrition et nutrithérapie de l'intestin : l’extraordinaire révolution scientifique et médicale du microbiote, Montpellier, Sparte éditions, 2018, 309 p. (ISBN 978-2-9549976-2-9).
• (en) Craig L. Maynard, Charles O. Elson, Robin D. Hatton et Casey T. Weaver, « Reciprocal interactions of the intestinal microbiota and immune system », Nature, vol. 489, n^o 7415,‎ 13 septembre 2012, p. 231–241 (ISSN 1476-4687, PMID 22972296, PMCID 4492337, DOI 10.1038/nature11551, lire en ligne, consulté le 11 décembre 2025).
• (en) Valentina Tremaroli et Fredrik Bäckhed, « Functional interactions between the gut microbiota and host metabolism », Nature, vol. 489, n^o 7415,‎ 13 septembre 2012, p. 242–249 (ISSN 1476-4687, PMID 22972297, DOI 10.1038/nature11552, lire en ligne, consulté le 11 décembre 2025).

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