Obélisque (biologie)

Les obélisques sont des particules virales à ARN circulaire, semblables aux viroïdes, mais codant des protéines. Décrits pour la première fois en , ils ont été découverts par analyse métatranscriptomique du microbiome buccal et intestinal, dans des échantillons de selles humaines et dans des spécimens de Streptococcus sanguinis (en) de la bouche. L'étude initiale a montré la présence d'obélisques dans environ 7 % des échantillons de selles et environ 50 % des échantillons de salive, provenant d'individus du monde entier. Leur relation avec d'autres organismes étant inconnue, ils constituent des êtres biologiques encore non classés (incertae sedis)[1].

Les viroïdes étaient connus chez les plantes chez qui ils peuvent être pathogènes[2]. C'est la première fois que de telles particules sont identifiées chez des bactéries et des animaux.

La découverte de ces êtres génétiques, en plus les viroïdes et les séquences virales endogènes, invite à élargir la notion de microbiome à celle de microgénobiome[3].

Description

Les obélisques ont en commun plusieurs propriétés : des assemblages d'ARN circulaires d'environ 1 000 bases, des structures secondaires en forme de bâtonnet et qui fonctionnent comme réplicon autonomes tel des ribozymes auto-clivants[4]. L'étude a identifié plus de 30 000 formes d'ARN circulaire possibles[5], soit autant d'espèces potentielles formant leur propre groupe phylogénétique.

Au-delà de cette similarité avec les viroïdes, la séquence de chaque obélisque contient des gènes codant une nouvelle superfamille de protéines, dénommée Oblin. Ces séquences ARN sont donc traduites en protéines, les premières identifiées étant nommées Oblin-1 et Oblin-2. Les premières prédictions structurelles indiquent qu'Oblin-1 peut se lier aux ions métalliques et pourrait donc être impliquée dans la signalisation cellulaire. Oblin-2 présente un site de liaison typique des complexes protéiques et pourrait donc se lier aux enzymes de sa cellule hôte[6],[1].

Notes et références

  1. Ivan N. Zheludev, Robert C. Edgar, Maria Jose Lopez-Galiano, Marcos de la Peña, Artem Babaian, Ami S. Bhatt, Andrew Z. Fire, « Viroid-like colonists of human microbiomes », Cell, no 187,‎ , p. 6521–6536 (DOI https://doi.org/10.1101/2024.01.20.576352, lire en ligne)
  2. ↑ (en-US) « A New Obelisk 'Lifeform' Is Hiding Inside Humans » [archive du ], sur Popular Mechanics, (consulté le )
  3. ↑ José Miguel Soriano del Castillo, « Les obélisques : de mystérieux « habitants » découverts dans le microbiote de l’intestin et de la bouche », sur The Conversation, (consulté le )
  4. ↑ « A novel viroid-like RNA element “Obelisks”: a major breakthrough in the RNA World »
  5. ↑ (en) « ‘It’s insane’: New viruslike entities found in human gut microbes », sur www.science.org (consulté le )
  6. ↑ Yves Etienne, « Les obélisques : une nouvelle espèce de viroïdes jusqu’ici inconnus découverte dans notre bouche et nos intestins », Science&Vie,
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