La Coppa Merconorte 1998 è stata la prima edizione del trofeo, ed è stata vinta dall'Atlético Nacional.
Inizialmente la competizione doveva includere 16 squadre, con 4 gironi da 4 club. Il numero fu poi ridotto a 12 per via di contrasti con la Federazione calcistica del Messico riguardo alle formazioni messicane che avrebbero preso parte al torneo: vista l'impossibilità di giungere a un accordo, gli organizzatori decisero di eliminare le tre compagini messicane e due statunitensi (D.C. United e Los Angeles Galaxy), aggiungendo una colombiana (América de Cali). Le 12 squadre partecipanti sono divise in 3 gruppi da 4, le cui prime classificate e la migliore seconda si qualificano alle semifinali.
Fase a gironi
Gruppo A
Risultati
| Emelec |
1 - 1 |
Sporting Cristal |
| América |
2 - 1 |
Millonarios |
| Sporting Cristal |
2 - 2 |
América |
| Sporting Cristal |
0 - 1 |
Millonarios |
| Millonarios |
2 - 2 |
América |
| Sporting Cristal |
1 - 1 |
Emelec |
| América |
1 - 1 |
Sporting Cristal |
| Millonarios |
1 - 0 |
Sporting Cristal |
Gruppo B
Risultati
| Alianza Lima |
2 - 0 |
Barcelona |
| The Strongest |
0 - 2 |
Atlético Nacional |
| Barcelona |
1 - 1 |
The Strongest |
| Atlético Nacional |
3 - 1 |
Alianza Lima |
| Barcelona |
2 - 2 |
Atlético Nacional |
| The Strongest |
0 - 0 |
Alianza Lima |
| Barcelona |
2 - 0 |
Alianza Lima |
| Atlético Nacional |
2 - 3 |
The Strongest |
| The Strongest |
1 - 0 |
Barcelona |
| Alianza Lima |
1 - 1 |
Atlético Nacional |
| Atlético Nacional |
4 - 0 |
Barcelona |
| Alianza Lima |
4 - 0 |
The Strongest |
Gruppo C
Risultati
| Universitario |
0 - 0 |
Deportivo Cali |
| Caracas |
1 - 0 |
El Nacional |
| El Nacional |
1 - 1 |
Universitario |
| Deportivo Cali |
1 - 1 |
Caracas |
| Caracas |
0 - 2 |
Universitario |
| Deportivo Cali |
2 - 0 |
El Nacional |
| Deportivo Cali |
2 - 1 |
Universitario |
| El Nacional |
2 - 1 |
Caracas |
| Universitario |
1 - 2 |
El Nacional |
| Caracas |
0 - 2 |
Deportivo Cali |
| Universitario |
1 - 3 |
Caracas |
| El Nacional |
1 - 0 |
Deportivo Cali |
Fase a eliminazione diretta