Base de datos de movimientos moleculares

La base de datos de movimientos macromoleculares es una herramienta de software como servicio y una base de datos bioinformática que intenta categorizar los movimientos macromoleculares, también conocidos como cambio de la conformación de las macromoléculas.^[1][2][3]

Fue desarrollada originalmente por Mark B. Gerstein, Werner Krebs y Nat Echols en el Departamento de Biofísica Molecular y Bioquímica de la Universidad de Yale.^[4][5]

Desde su introducción a finales de la década de 1990, los artículos revisados por pares que figuran en la base de datos han recibido miles de citas.^[6][7] La base de datos ha sido mencionada en artículos de noticias de importantes revistas científicas, capítulos de libros y otros medios.

Los usuarios pueden buscar un movimiento concreto en la base de datos por el nombre de la proteína o por su número de identificación en el Banco de Datos de Proteínas.^[8] Sin embargo, lo más habitual es que los usuarios accedan a la base de datos a través del Banco de Datos de Proteínas, que a menudo proporciona un hipervínculo a la entrada de MolMovDB para las proteínas que se encuentran en ambas bases de datos.^[9]

La base de datos incluye una herramienta web (el servidor Morph) que permite a los usuarios sin conocimientos técnicos animar y visualizar ciertos tipos de cambios conformacionales de las proteínas generando cortometrajes. Este sistema utiliza técnicas de modelización molecular para interpolar los cambios estructurales entre dos conformadores proteicos diferentes y generar un conjunto de estructuras intermedias. A continuación, se envía por correo electrónico al usuario un enlace que apunta a los resultados de la morfología.^[10]

El servidor de Morfo era originalmente una herramienta de investigación más que una herramienta general de animación molecular, por lo que ofrecía un control limitado al usuario sobre el renderizado, los parámetros de animación, el color y el punto de vista, y los métodos originales a veces requerían una cantidad considerable de tiempo de CPU para completarse.^[11] Desde su introducción inicial en 1996, la base de datos y el servidor morfológico asociado han sido objeto de desarrollos para intentar subsanar algunas de estas deficiencias ,^[12][13] así como añadir nuevas funciones, como el análisis en modo normal.^[14] Otros centros de investigación han desarrollado posteriormente sistemas alternativos, como MovieMaker Archivado el 24 de enero de 2016 en Wayback Machine, de la Universidad de Alberta.

El proveedor de bioinformática DNASTAR ha incorporado morfos de la base de datos en su producto comercial Protean3D. ^[15][16] La conexión entre DNASTAR y los autores de la base de datos, si es que existe, no queda clara de inmediato.

• The Database of Macromolecular Motions (molmovdb) (en)
• Capítulo de libro encima Movimientos de Proteína de sitio web de RH Austin en Princeton Universidad (en)
  
• Frauenfelder H (20 de abril de 1989). «New looks at protein motions». Nature 338 (6217): 623-4. doi:10.1038/338623a0.  Frauenfelder H (20 de abril de 1989). «New looks at protein motions». Nature 338 (6217): 623-4. doi:10.1038/338623a0.  (6217): 623@–4. doi:10.1038/338623un0.
• Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (March 2005). «Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool». Protein Sci. 14 (3): 633-43. PMC 2279292. PMID 15722444. doi:10.1110/ps.04882105.  Alexandrov V, Lehnert U, Echols N, Milburn D, Engelman D, Gerstein M (March 2005). «Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool». Protein Sci. 14 (3): 633-43. PMC 2279292. PMID 15722444. doi:10.1110/ps.04882105. 
• Alexandrov V, Gerstein M (January 2004). «Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures». BMC Bioinformatics 5: 2. PMC 344530. PMID 14715091. doi:10.1186/1471-2105-5-2.  Alexandrov V, Gerstein M (January 2004). «Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures». BMC Bioinformatics 5: 2. PMC 344530. PMID 14715091. doi:10.1186/1471-2105-5-2. 
• Echols N, Milburn D, Gerstein M (January 2003). «MolMovDB: analysis and visualization of conformational change and structural flexibility». Nucleic Acids Res. 31 (1): 478-82. PMC 165551. PMID 12520056. doi:10.1093/nar/gkg104.  Echols N, Milburn D, Gerstein M (January 2003). «MolMovDB: analysis and visualization of conformational change and structural flexibility». Nucleic Acids Res. 31 (1): 478-82. PMC 165551. PMID 12520056. doi:10.1093/nar/gkg104. 
• Krebs WG, Alexandrov V, Wilson CA, Echols N, Yu H, Gerstein M (September 2002). «Normal mode analysis of macromolecular motions in a database framework: developing mode concentration as a useful classifying statistic». Proteins 48 (4): 682-95. PMID 12211036. doi:10.1002/prot.10168.  Krebs WG, Alexandrov V, Wilson CA, Echols N, Yu H, Gerstein M (September 2002). «Normal mode analysis of macromolecular motions in a database framework: developing mode concentration as a useful classifying statistic». Proteins 48 (4): 682-95. PMID 12211036. doi:10.1002/prot.10168. 

• Esta obra contiene una traducción derivada de «Database of Molecular Motions» de Wikipedia en inglés, concretamente de esta versión, publicada por sus editores bajo la Licencia de documentación libre de GNU y la Licencia Creative Commons Atribución-CompartirIgual 4.0 Internacional.