Las Elecciones estatales de Chiapas de 2006 se llevaron a cabo el domingo 20 de agosto de 2006, y en ellas fue renovado el titular del siguiente cargo de elección popular en el estado de Chiapas:
- Gobernador de Chiapas. Titular del Poder Ejecutivo del estado, electo para un periodo de seis años no reelegibles en ningún caso. El candidato electo fue Juan Sabines Guerrero.
Resultados Federales: Presidente
| Partido/Coalición | Candidato | Votos | Porcentaje |
.svg.png) | Coalición Por el Bien de Todos
PRD, PT y CON | Andrés Manuel López Obrador | 551,749 | |
.svg.png) | Alianza por México
PRI y PVEM | Roberto Madrazo Pintado | 427,351 | |
.svg.png) | Partido Acción Nacional | Felipe Calderón Hinojosa | 215,358 | |
.svg.png) | Partido Alternativa Socialdemócrata y Campesina | Patricia Mercado | 15,065 | |
.svg.png) | Partido Nueva Alianza | Roberto Campa Cifrián | 7,378 | |
 | No registrados | 8,395 | |
 | Nulos | 47,327 | |
| Total | 1,272,513 | |
|
Elección de Gobernador
Resultados electorales
| Partido/Coalición |
Candidato | Votos | Porcentaje |
| Coalición Por el Bien de Todos
(PRD, PT, Convergencia) | Juan Sabines Guerrero  Hecho | 553,270 | |
| Alianza por Chiapas
(PRI, PVEM) | José Antonio Aguilar Bodegas | 546,988 | |
| Partido Acción Nacional | Francisco Rojas Toledo[1] | 29,476 | |
| Partido Alternativa Socialdemócrata y Campesina | Gilberto Gómez Maza | 6,395 | |
| Partido Nueva Alianza | Emilio Zebadúa González [2][1] | 3,492 | |
| No registrados | 1,519 | |
| Nulos | 36,570 | |
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| Total | 1,177,710 | |
Fuente: IEE-Chiapas
Resultados electorales modificados por los Tribunales electorales del Poder Judicial de la Federación y del Estado
| Partido/Coalición |
Candidato | Votos | Porcentaje |
| Coalición Por el Bien de Todos
(PRD, PT, Convergencia) | Juan Sabines Guerrero Hecho | 544,515 | |
| Alianza por Chiapas
(PRI, PVEM) | José Antonio Aguilar Bodegas | 538,313 | |
| Partido Acción Nacional | Francisco Rojas Toledo[1] | 28,998 | |
| Partido Alternativa Socialdemócrata y Campesina | Gilberto Gómez Maza | 6,211 | |
| Partido Nueva Alianza | Emilio Zebadúa González [2][1] | 3,415 | |
| No registrados | 1,540 | |
| Nulos | 35,816 | |
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| Total | 1,158,808 | |
| Fuente: Instituto Estatal Electoral de Chiapas[3] |
Resultados preliminares
Al cierre del Programa de Resultados Electorales Preliminares (PREP) la diferencia a favor de Juan Sabines Guerrero sobre José Antonio Aguilar Bodegas era de 0.22%, registrándose un porcentaje de 48.39% para Sabines y de 48.17% para Aguilar Bodegas, ambos se declararon ganadores sobre la base de cifras propias, Aguilar Bodegas anunció que impugnaría la elección y Sabines se manifestó dispuesto a un recuento de votos .
El total de votos emitidos fue 1177710. Los votos nulos fueron 36570 y por candidatos no registrados 1519.
• 2007 →
3.7 %
Datos: Q8774455