ADARB1

ADARB1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1ZY7, 5ED1, 5ED2, 5HP3, 5HP2
Ідентифікатори
Символи	ADARB1, ADAR2, DRABA2, DRADA2, RED1, adenosine deaminase, RNA specific B1, adenosine deaminase RNA specific B1, NEDHYMS
Зовнішні ІД	OMIM: 601218 MGI: 891999 HomoloGene: 8280 GeneCards: ADARB1
шифр КФ	3.5.4.37
Онтологія гена
Молекулярна функція	• зв’язування з іоном металу; • adenosine deaminase activity; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • RNA binding; • double-stranded RNA binding; • mRNA binding; • hydrolase activity; • double-stranded RNA adenosine deaminase activity; • tRNA-specific adenosine deaminase activity;
Клітинна компонента	• нуклеоплазма; • ядерце; • клітинне ядро; • гіалоплазма; • цитоплазма;
Біологічний процес	• GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing; • процес імунної системи; • mRNA processing; • base conversion or substitution editing; • regulation of cell cycle; • negative regulation of cell migration; • defense response to virus; • negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation; • positive regulation of viral genome replication; • вроджений імунітет; • adenosine to inosine editing; • negative regulation of cell population proliferation; • neuromuscular synaptic transmission; • facial nerve morphogenesis; • hypoglossal nerve morphogenesis; • spinal cord ventral commissure morphogenesis; • multicellular organism growth; • neuromuscular process controlling posture; • іннервація; • muscle tissue morphogenesis; • motor behavior; • motor neuron apoptotic process;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	104
	110532
	ENSG00000197381
	ENSMUSG00000020262
	P78563
	Q91ZS8
NM_001033049; NM_001112; NM_001160230; NM_015833; NM_015834;
	NM_001346687; NM_001346688
	NM_001024837; NM_001024838; NM_001024839; NM_001024840; NM_130895
NP_001103; NP_001153702; NP_001333616; NP_001333617; NP_056648;
	NP_056649
	NP_001020008; NP_570965; NP_001020009
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

ADARB1 (англ. Adenosine deaminase, RNA specific B1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 21-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 741 амінокислот, а молекулярна маса — 80 763^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MDIEDEENMS	SSSTDVKENR	NLDNVSPKDG	STPGPGEGSQ	LSNGGGGGPG
RKRPLEEGSN	GHSKYRLKKR	RKTPGPVLPK	NALMQLNEIK	PGLQYTLLSQ
TGPVHAPLFV	MSVEVNGQVF	EGSGPTKKKA	KLHAAEKALR	SFVQFPNASE
AHLAMGRTLS	VNTDFTSDQA	DFPDTLFNGF	ETPDKAEPPF	YVGSNGDDSF
SSSGDLSLSA	SPVPASLAQP	PLPVLPPFPP	PSGKNPVMIL	NELRPGLKYD
FLSESGESHA	KSFVMSVVVD	GQFFEGSGRN	KKLAKARAAQ	SALAAIFNLH
LDQTPSRQPI	PSEGLQLHLP	QVLADAVSRL	VLGKFGDLTD	NFSSPHARRK
VLAGVVMTTG	TDVKDAKVIS	VSTGTKCING	EYMSDRGLAL	NDCHAEIISR
RSLLRFLYTQ	LELYLNNKDD	QKRSIFQKSE	RGGFRLKENV	QFHLYISTSP
CGDARIFSPH	EPILEGSRSY	TQAGVQWCNH	GSLQPRPPGL	LSDPSTSTFQ
GAGTTEPADR	HPNRKARGQL	RTKIESGEGT	IPVRSNASIQ	TWDGVLQGER
LLTMSCSDKI	ARWNVVGIQG	SLLSIFVEPI	YFSSIILGSL	YHGDHLSRAM
YQRISNIEDL	PPLYTLNKPL	LSGISNAEAR	QPGKAPNFSV	NWTVGDSAIE
VINATTGKDE	LGRASRLCKH	ALYCRWMRVH	GKVPSHLLRS	KITKPNVYHE
SKLAAKEYQA	AKARLFTAFI	KAGLGAWVEK	PTEQDQFSLT	P

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до гідролаз. Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет, вроджений імунітет, процесінг мРНК, антивірусний захист. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, РНК. Локалізований у ядрі.

У мозку миші в ході ембріонального розвитку активність білку зростає. Особливо висока його кількість у таламусі. Активність білка посилюють імпортин KPNA3, який транспортує його в ядро з цитоплазми, та ізомераза PIN1, що стабілізує фермент у ядрі^[5].

Література

Lai F., Chen C.-X., Carter K.C., Nishikura K. (1997). Editing of glutamate receptor B subunit ion channel RNAs by four alternatively spliced DRADA2 double-stranded RNA adenosine deaminases. Mol. Cell. Biol. 17: 2413—2424. PMID 9111310 doi:10.1128/MCB.17.5.2413
Villard L., Tassone F., Haymowicz M., Welborn R., Gardiner K. (1997). Map location, genomic organization and expression patterns of the human RED1 RNA editase. Somat. Cell Mol. Genet. 23: 135—145. PMID 9330641 doi:10.1007/BF02679972
Slavov D., Gardiner K. (2002). Phylogenetic comparison of the pre-mRNA adenosine deaminase ADAR2 genes and transcripts: conservation and diversity in editing site sequence and alternative splicing patterns. Gene. 299: 83—94. PMID 12459255 doi:10.1016/S0378-1119(02)01016-8
Kawahara Y., Ito K., Ito M., Tsuji S., Kwak S. (2005). Novel splice variants of human ADAR2 mRNA: skipping of the exon encoding the dsRNA-binding domains, and multiple C-terminal splice sites. Gene. 363: 193—201. PMID 16297572 doi:10.1016/j.gene.2005.07.028
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Maas S., Gommans W.M. (2009). Novel exon of mammalian ADAR2 extends open reading frame. PLoS ONE. 4: E4225—E4225. PMID 19156214 doi:10.1371/journal.pone.0004225

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:226 (англ.) . Архів оригіналу за 23 травня 2017. Процитовано 22 серпня 2017. [Архівовано 2017-05-23 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, P78563 (англ.) . Архів оригіналу за 25 серпня 2017. Процитовано 22 серпня 2017.
↑ Lundin, Elin; Wu, Chenglin; Widmark, Albin; Behm, Mikaela; Hjerling-Leffler, Jens; Daniel, Chammiran; Öhman, Marie; Nilsson, Mats (2020). Spatiotemporal mapping of RNA editing in the developing mouse brain using in situ sequencing reveals regional and cell-type-specific regulation. BMC Biology. 18 (1). doi:10.1186/s12915-019-0736-3. ISSN 1741-7007.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)(англ.)

Див. також

Хромосома 21

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:226 (англ.) . Архів оригіналу за 23 травня 2017. Процитовано 22 серпня 2017. [Архівовано 2017-05-23 у Wayback Machine.]

[UniProt-4] UniProt, P78563 (англ.) . Архів оригіналу за 25 серпня 2017. Процитовано 22 серпня 2017.

[LundinWu2020-5] Lundin, Elin; Wu, Chenglin; Widmark, Albin; Behm, Mikaela; Hjerling-Leffler, Jens; Daniel, Chammiran; Öhman, Marie; Nilsson, Mats (2020). Spatiotemporal mapping of RNA editing in the developing mouse brain using in situ sequencing reveals regional and cell-type-specific regulation. BMC Biology. 18 (1). doi:10.1186/s12915-019-0736-3. ISSN 1741-7007.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)(англ.)

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]