SYNPO

SYNPO
Ідентифікатори
Символи	SYNPO, synaptopodin
Зовнішні ІД	OMIM: 608155 MGI: 1099446 HomoloGene: 5274 GeneCards: SYNPO
Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • actin binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • перикаріон; • міжклітинні контакти; • postsynaptic membrane; • dendritic spine; • клітинна мембрана; • cell projection; • синапс; • цитоскелет; • мембрана; • GO:0097483, GO:0097481 постсинаптичне ущільнення; • bicellular tight junction; • Z discdkac; • клітинне ядро; • actin cytoskeleton; • stress fiber; • spine apparatus; • Schaffer collateral - CA1 synapse; • glutamatergic synapse;
Біологічний процес	• positive regulation of actin filament bundle assembly; • regulation of stress fiber assembly; • spine apparatus assembly; • Візуальне навчання; • regulation of long-term neuronal synaptic plasticity; • modification of dendritic spine; • postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission; • positive regulation of postsynaptic cytosolic calcium concentration;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	11346
	104027
	ENSG00000171992
	ENSMUSG00000043079
	Q8N3V7
	Q8CC35
	NM_001109974; NM_001166208; NM_001166209; NM_007286
	NM_001109975; NM_177340
	NP_001103444; NP_001159680; NP_001159681; NP_009217
	NP_001103445; NP_796314
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

SYNPO (англ. Synaptopodin) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 929 амінокислот, а молекулярна маса — 99 463^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MLGPHLPPPP	LAPSEGRPTP	CAFQIPDGSY	RCLALEAEES	SGEEGLQGEV
GPTDLEEDEG	VSRSGDDSAC	RVTQGTPQLP	KALGIQPPSC	SREEQGASQH
DDRASQDWDV	VKAGQMMTAS	PSPGPGPRVA	QKPALGRSTS	LTEKDLKEAK
ARSQQIAAQL	TTPPSSNSRG	VQLFNRRRQR	VNEFTLESHG	QRGQKPSQES
LRVLPSSLPG	HAPGLSLSST	SLPEPGPPRH	PSPQSPDRGV	PGHSMEGYSE
EASLLRHLEK	VASEEEEVPL	VVYLKENAAL	LTANGLHLSQ	NREAQQSSPA
PPPAEVHSPA	ADVNQNLASP	SATLTTPTSN	SSHNPPATDV	NQNPPATVVP
QSLPLSSIQQ	NSSEAQLPSN	GTGPASKPST	LCADGQPQAP	AEEVRCSTLL
IDKVSTPATT	TSTFSREATL	IPSSRPPASD	FMSSSLLIDI	QPNTLVVSAD
QEMSGRAAAT	TPTKVYSEVH	FTLAKPPSVV	NRTARPFGIQ	APGGTSQMER
SPMLERRHFG	EKAPAPQPPS	LPDRSPRPQR	HIMSRSPMVE	RRMMGQRSPA
SERRPLGNFT	APPTYTETLS	TAPLASWVRS	PPSYSVLYPS	SDPKSSHLKG
QAVPASKTGI	LEESMARRGS	RKSMFTFVEK	PKVTPNPDLL	DLVQTADEKR
RQRDQGEVGV	EEEPFALGAE	ASNFQQEPAP	RDRASPAAAE	EVVPEWASCL
KSPRIQAKPK	PKPNQNLSEA	SGKGAELYAR	RQSRMEKYVI	ESSSHTPELA
RCPSPTMSLP	SSWKYPTNAP	GAFRVASRSP	ARTPPASLYH	GYLPENGVLR
PEPTKQPPYQ	LRPSLFVLSP	IKEPAKVSPR	AASPAKPSSL	DLVPNLPKGA
LPPSPALPRP	SRSSPGLYTS	PGQDSLQPTA	VSPPYGGDIS	PVSPSRAWSP
RAKQAPRPSF	STRNAGIEAQ	VWKPSFCFK

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з молекулою актину. Локалізований у клітинній мембрані, цитоплазмі, цитоскелеті, мембрані, клітинних контактах, клітинних відростках, щільних контактах, синапсах.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Patrie K.M., Drescher A.J., Welihinda A., Mundel P., Margolis B. (2002). Interaction of two actin-binding proteins, synaptopodin and alpha-actinin-4, with the tight junction protein MAGI-1. J. Biol. Chem. 277: 30183—30190. PMID 12042308 doi:10.1074/jbc.M203072200

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:30672 (англ.) . Архів оригіналу за 20 червня 2016. Процитовано 5 вересня 2017. [Архівовано 2016-06-20 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, Q8N3V7 (англ.) . Архів оригіналу за 24 лютого 2018. Процитовано 5 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 5

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:30672 (англ.) . Архів оригіналу за 20 червня 2016. Процитовано 5 вересня 2017. [Архівовано 2016-06-20 у Wayback Machine.]

[UniProt-4] UniProt, Q8N3V7 (англ.) . Архів оригіналу за 24 лютого 2018. Процитовано 5 вересня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]