Institut suisse de bioinformatique

Institut suisse de bioinformatique
Histoire
Fondation
Cadre
Type
Pays
Coordonnées
46° 31′ 20″ N, 6° 34′ 30″ E
Organisation
Directeur
Christophe Dessimoz (en) (depuis )
Site web
Identifiants
TVA européenne
Carte

L’Institut suisse de bioinformatique (en anglais Swiss Institute of Bioinformatics, SIB) est une fondation académique à but non lucratif dédiée aux sciences des données biologiques et biomédicales et qui fédère les activités de bio-informatique en Suisse[1].

Créé en 1998, l’Institut a pour mission de fournir des ressources bioinformatiques essentielles à la communauté de recherche en sciences de la vie, tant au niveau national qu’international, dans des domaines tels que la génomique, la protéomique et la biologie des systèmes, ainsi que de représenter et fédérer le domaine de la bioinformatique en Suisse[2]. Le SIB développe des banques de données et logiciels en libre accès, participe à des activités d’enseignement, et contribue à la mise en place et à la coordination de projets d’infrastructures en sciences de la vie, aux niveaux national et international[3].

L’Institut est partiellement financé par la Confédération (sous l’égide du Secrétariat d’État à la formation, à la recherche et à l’innovation) en tant qu’infrastructure de recherche d’importance nationale, conformément à l’article 15 de la loi fédérale pour la promotion de la recherche et de l’innovation[4].

Historique

L’Institut est initialement créé pour assurer un financement stable et à long terme à la base de données Swiss-Prot et au nœud suisse de l'EMBnet. Swiss-Prot, en particulier, avait traversé une grave crise de financement en 1996, conduisant les responsables des cinq groupes de recherche actifs en bioinformatique à Genève et Lausanne (Ron Appel, Amos Bairoch, Philipp Bucher, Victor Jongeneel et Manuel Peitsch), à proposer la création du SIB[5],[6].

Le gouvernement suisse cherchait alors à soutenir les centres d'excellence transdisciplinaires dans des domaines scientifiques d’avenir et a fourni le financement initial[7]. Une fois constitué en fondation à but non lucratif, l'Institut a pu solliciter un financement fédéral : la loi limitait toutefois ce soutien à 50 % des dépenses[8]. Le reste devait provenir d'autres sources, notamment des subventions compétitives et des fonds de contrepartie[7].

Organisation

Le SIB compte environ 200 collaborateurs répartis à travers la Suisse (Genève, Lausanne, Bâle, Zurich), ainsi que 700 membres affiliés issus des principales institutions académiques du pays[9]. Parmi celles-ci figurent les Universités de Bâle, Berne, Fribourg, Genève, Lausanne, Lugano et Zurich, les Écoles polytechniques fédérales de Lausanne et de Zurich, le Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research à Bâle, Idiap à Martigny, l’EMPA à Saint-Gall, l’Institute of Oncology Research à Bellinzone, ainsi que la Haute école de gestion de Genève[3],[10].

Les 90 groupes de recherche du SIB sont actifs dans des domaines aussi variés que la bioinformatique environnementale, la protéomique, la transcriptomique, la génomique, la biologie des systèmes, la bioinformatique structurale, la bioinformatique évolutive, la modélisation, l'imagerie, la biophysique, la génétique des populations et la bioinformatique clinique[11]. Le SIB organise également une réunion scientifique internationale biennalle, la conférence [BC]2 de Bâle sur la biologie computationnelle[12].

Gouvernance et financement

Le premier directeur de l'Institut fut Victor Jongeneel, suivi d'Ernest Feytmans de 2001 à [13],. Du à , l'Institut est dirigé par Ron Appel, l'un de ses membres fondateurs, puis conjointement avec Christine Durinx à partir d’[14]. Christophe Dessimoz succède à cetter dernière en et, suite au départ à la retraite de Ron Appel en octobre de la même année, il devient le seul directeur de l'Institut[14],[15].

Le SIB bénéficie de financements publics pour soutenir le développement de bases de données ouvertes et la préservation à long terme des données scientifiques, notamment de la part du Secrétariat d'État à la formation, à la recherche et à l'innovation qui contribue à hauteur d'environ 6,5 millions de francs suisses par an[3],[16]. Le développement de plusieurs bases de données hébergées par le SIB bénéficie également de financements publics de la part du gouvernement des États-Unis[17].

Domaines d'activité

Ressources bioinformatiques

Le SIB gère le portail de ressources bioinformatiques Expasy, qui comprend environ 160 bases de données et outils logiciels développés par ses équipes et ses membres[18],[19]. Parmi ceux-ci, l'Institut sélectionne et maintient un ensemble de ressources en libre accès pour répondre aux besoins des chercheurs, enseignants, étudiants, cliniciens et autres experts[19],[20]. Ces « Ressources SIB » incluent :

  • ASAP (portail collaboratif pour l'analyse unicellulaire)[3],[21]
  • Bgee (base de données permettant de récupérer et de comparer les profils d'expression génique entre espèces animales)[16],[22]
  • Cellosaurus (base de données de connaissances sur les lignées cellulaires)[22].
  • Glyco@Expasy (portail de bases de données et d'outils logiciels pour la glycoinformatique)[21]
  • mOTUs (profileur taxonomique microbien et base de données génomiques)[23]
  • Nextstrain (outil logiciel de suivi de l'évolution des pathogènes en temps réel)[21]
  • OrthoDB (catalogue hiérarchique des orthologues eucaryotes)[16],[22]
  • Rhea (base de données de réactions biochimiques)[22]
  • STRING (réseaux d'interactions protéiques et analyse d'enrichissement)[16],[22]
  • SwissDrugDesign (conception de médicaments assistée par ordinateur)[16]
  • SwissLipids (base de données de connaissances sur les lipides)[22]
  • SWISS-MODEL (suite logicielle et bases de données pour la modélisation par homologie de structures protéiques)[16]
  • SwissOrthology – incluant OMA (matrice d'orthologie)[16],[22]
  • Plateforme suisse de surveillance des pathogènes (SPSP) (Plateforme One Health pour le partage en temps réel des données de séquençage des pathogènes)[24]
  • Swiss-Prot/UniProtKB (Base de données de séquences protéiques hautement annotées et validée)[16],[22]
  • SwissRegulon (Outils et données pour la génomique régulatoire)[16]
  • V-pipe (Logiciel dédié à la génomique virale)[3]

Services bioinformatiques

Le SIB propose des services bioinformatiques et de science des données à divers partenaires des secteurs public et privé[3]. Ses activités comprennent l’harmonisation, l’intégration et l’analyse de données biologiques complexes issues de différentes technologies expérimentales, ainsi que le développement de plateformes logicielles sur mesure et la fourniture d’outils pour faciliter les flux de travail scientifiques, tels que Melanie (une plateforme d’analyse de gels 2D)[25].

L’Institut participe également à des collaborations nationales et internationales par le biais de partenariats public-privé, de subventions de recherche et de programmes de financement de l’innovation, comme ceux soutenus par Innosuisse. Ses partenaires comprennent des universités, des hôpitaux, des entreprises de biotechnologie, des autorités fédérales et des entreprises pharmaceutiques[3],[21].

Coordination scientifique

Le SIB joue un rôle de coordination et de pilotage dans plusieurs initiatives nationales et internationales dans le domaine de la bioinformatique et des infrastructures de données en sciences de la vie, couvrant des domaines tels que la médecine, la préparation aux épidémies et la biodiversité[11].

Ces initiatives incluent des partenariats public-privé paneuropéens sur le cancer, l’obésité, les maladies cardiovasculaires, etc., comme le projet SOPHIA, financé par l’Initiative pour les médicaments innovants (IMI), ou IMMUcan, qui vise à faire progresser l’oncologie de précision grâce à l’immunoprofilage[26].

Par l’intermédiaire de son Centre de bioinformatique des pathogènes, lancé en 2024 et qui soutient la préparation aux épidémies grâce à la génomique des pathogènes et à l’intégration des données[27], le SIB coordonne le Pathogen Data Network, une initiative mondiale financée par les Instituts nationaux de la santé (NIH) américains et qui vise à construire un écosystème interconnecté de données et d’outils pour la réponse aux épidémies et la recherche sur les maladies infectieuses[28].

En Suisse, le Swiss Personalized Health Network (SPHN), infrastructure nationale de données assurant l'interopérabilité et le partage des données de santé à des fins de recherche, est placé sous la responsabilité de l'Académie suisse des sciences médicales, en collaboration avec le SIB[29]. L'Institut coordonne également BioMedIT, infrastructure informatique nationale sécurisée facilitant l'échange et l'analyse de données biomédicales sensibles[30].

Le SIB encourage la création et la diffusion de données en sciences de la vie conformes aux principes FAIR (Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables et Réutilisables)[22],[31]. Le SIB cherche ainsi à promouvoir la science ouverte et la gouvernance des données afin de garantir que la recherche axée sur les données et l'intelligence artificielle en sciences de la vie repose sur des fondements éthiques et transparents[32].

Formation

Dans le cadre de sa mission, le SIB promeut et coordonne la formation en bioinformatique, en collaboration avec les universités suisses et en complément de leur enseignement académique. Les membres du SIB sont souvent impliqués directement ou indirectement dans un certain nombre de cours de bioinformatique à tous les niveaux d'enseignement – des diplômes de premier cycle et de deuxième cycle – ainsi que dans des formations spécialisées pour les chercheurs en sciences de la vie[20]. Le SIB promeut également un réseau de formation doctorale en bioinformatique, ouvert aux étudiants de troisième cycle des écoles supérieures suisses[20].

Vulgarisation scientifique

Le SIB s'engage également à rendre la bioinformatique accessible au grand public. Depuis 2000, le SIB participe régulièrement à de nombreux salons scientifiques, a lancé un jeu mobile en 2018 (Genome Jumper)[33], a développé des sites web interactifs pour explorer le génome[34], la médecine de précision[35] et l'évolution (In the Light of Evolution, lauréat du prix Optimus Agora du Fonds national suisse de la recherche scientifique en 2021)[36]. Le SIB a également lancé deux magazines en ligne : Protein Spotlight et Prolune[37],[38].

Notes et références

  1. ↑ (en-GB) « Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) », sur EOSC Association (consulté le )
  2. ↑ Pierre Léderrey, « L'institut de bioinformatique participe à une relecture du vivant », sur www.scriptorium.ch, 24 heures, (consulté le )
  3. (en) Chiara Gabella, Severine Duvaud et Christine Durinx, « Managing the life cycle of a portfolio of open data resources at the SIB Swiss Institute of Bioinformatics », Briefings in Bioinformatics, vol. 23, no 1,‎ (ISSN 1467-5463 et 1477-4054, DOI 10.1093/bib/bbab478, lire en ligne [archive du ], consulté le )
  4. ↑ Confédération suisse, « Établissements de recherche d’importance nationale » Accès libre, sur https://www.sbfi.admin.ch/ (consulté le )
  5. ↑ « SWISS-PROT funding crisis of 1996 », sur web.expasy.org (consulté le )
  6. ↑ (en) Amos Bairoch, « Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through exciting times! », Bioinformatics, vol. 16, no 1,‎ , p. 48–64 (ISSN 1367-4811 et 1367-4803, DOI 10.1093/bioinformatics/16.1.48, lire en ligne, consulté le )
  7. Mahmood Madhavi, Bioinformatics: Trends and Methodologies, Rijeka, IntechOpen, (ISBN 978-953-307-282-1 et 978-953-51-5549-2), p. 24-25
  8. ↑ Loi fédérale sur la recherche du , RS 420.1, art. 16 al. 3b,c.
  9. ↑ Sophie Marenne, «Cette expertise en bioinformatique est une spécialité de la Suisse», sur agefi.com, (consulté le )
  10. ↑ (en) « The Swiss Institute of Bioinformatics and Idiap start a partnership », sur Idiap Research Institute, Artificial Intelligence for Society (consulté le )
  11. (en) « The SIB Swiss Institute of Bioinformatics’ resources: focus on curated databases », Nucleic Acids Research, vol. 44, no D1,‎ , D27–D37 (ISSN 0305-1048 et 1362-4962, DOI 10.1093/nar/gkv1310, lire en ligne [archive du ], consulté le )
  12. ↑ (en-US) « [BC]2 Basel Computational Biology Conference », sur Swiss Biotech (consulté le )
  13. ↑ « C. Victor Jongeneel | Carl R. Woese Institute for Genomic Biology », sur www.igb.illinois.edu (consulté le )
  14. (en-US) Sandra Ansanay-Alex, « Ron Appel, SIB's president, retires », sur BioAlps, (consulté le )
  15. ↑ « Congratulations to C. Dessimoz on his new role as joint executive Director of SIB. | CIG – NEWS », sur www.genomyx.ch (consulté le )
  16. (en) Heinz Stockinger, Adrian M. Altenhoff, Konstantin Arnold et Amos Bairoch, « Fifteen years SIB Swiss Institute of Bioinformatics: life science databases, tools and support », Nucleic Acids Research, vol. 42, no W1,‎ , W436–W441 (ISSN 1362-4962 et 0305-1048, DOI 10.1093/nar/gku380, lire en ligne [archive du ], consulté le )
  17. ↑ Pascaline Minet, « «C’est une réelle menace pour les progrès de la science»: à la suite des coupes américaines, les chercheurs suisses craignent pour leurs données - Le Temps », www.letemps.ch,‎ (ISSN 1423-3967, lire en ligne, consulté le )
  18. ↑ (en) Artimo, Panu, Jonnalagedda, Manohar, Arnold, Konstantin et Baratin, Delphine, « ExPASy: SIB bioinformatics resource portal », Nucleic Acids Research, vol. 40, no W1,‎ (ISSN 0305-1048, DOI 10.1093/nar/gk, lire en ligne [archive du ], consulté le )
  19. (en) Séverine Duvaud, Chiara Gabella, Frédérique Lisacek et Heinz Stockinger, « Expasy, the Swiss Bioinformatics Resource Portal, as designed by its users », Nucleic Acids Research, vol. 49, no W1,‎ , W216–W227 (ISSN 0305-1048 et 1362-4962, PMID 33849055, PMCID 8265094, DOI 10.1093/nar/gkab225, lire en ligne, consulté le )
  20. Vivienne Baillie Gerritsen, Patricia M. Palagi et Christine Durinx, « Bioinformatics on a national scale: an example from Switzerland », Briefings in Bioinformatics, vol. 20, no 2,‎ , p. 361–369 (ISSN 1477-4054, PMID 29106442, PMCID 6433736, DOI 10.1093/bib/bbx073, lire en ligne, consulté le )
  21. (en-US) Lucie Sammicheli, « SIB presents new resources in their portfolio », sur Biopôle, (consulté le )
  22. (en) SIB Swiss Institute of Bioinformatics RDF Group Members, Adrian Altenhoff, Amos Bairoch et Parit Bansal, « The SIB Swiss Institute of Bioinformatics Semantic Web of data », Nucleic Acids Research, vol. 52, no D1,‎ , D44–D51 (ISSN 0305-1048 et 1362-4962, PMID 37878411, PMCID 10767860, DOI 10.1093/nar/gkad902, lire en ligne, consulté le )
  23. ↑ (en-US) Eveylne, « mOTUS joins Swiss Institute of Bioinformatics », sur NCCR, (consulté le )
  24. ↑ (en) « Portail d’information sur les maladies transmissibles », sur idd.bag.admin.ch (consulté le )
  25. ↑ (en) Sonja Voordijk, Maheen Sayeed, « Robust HCP Coverage Analysis with Dedicated Melanie Software », (consulté le )
  26. ↑ (en) Henoch S. Hong, Robin Liechti, Christoph Reinhard et Marie M. Morfouace, « IMMUcan: Broad cellular and molecular profiling of the human tumor microenvironment », Cancer Research, vol. 80, no 16_Supplement,‎ , p. 1699–1699 (ISSN 0008-5472 et 1538-7445, DOI 10.1158/1538-7445.AM2020-1699, lire en ligne [archive du ], consulté le )
  27. ↑ (en-US) Pierre-Yves Oehrli, « SIB launches the Centre for Pathogen Bioinformatics | GGBa », sur Greater Geneva Bern area, (consulté le )
  28. ↑ Jessica Davis Plüss, Pauline Turuban, « Pourquoi les coupes budgétaires américaines ébranlent la recherche suisse », sur SWI swissinfo.ch, (consulté le )
  29. ↑ « Centre national de coordination des données du Swiss Personalized Health Network », sur SEFRI (consulté le )
  30. ↑ (en-GB) « BioMedIT Project », sur SPHN (consulté le )
  31. ↑ (en) Vasundra Touré, Philip Krauss, Kristin Gnodtke et Jascha Buchhorn, « FAIRification of health-related data using semantic web technologies in the Swiss Personalized Health Network », Scientific Data, vol. 10, no 1,‎ , p. 127 (ISSN 2052-4463, DOI 10.1038/s41597-023-02028-y, lire en ligne, consulté le )
  32. ↑ (en) Université de Bâle, « Ethical and Legal issues of Mobile Health-Data – Improving understanding and eXPlainability of digitaL transformAtion and data technologies using artificial IntelligeNce [EXPLaiN] », sur ibmb.unibas.ch (consulté le )
  33. ↑ Alizée Guilhem, « Un jeu lausannois pour découvrir la génétique - Le Temps », www.letemps.ch,‎ (ISSN 1423-3967, lire en ligne, consulté le )
  34. ↑ Université de Genève, « Chromosome walk », sur genev.unige.ch (consulté le )
  35. ↑ (en-US) « About Precision Medicine », sur Precision Medicine (consulté le )
  36. ↑ (en) Marie-Claude Blatter, Monique Zahn-Zabal, Samuel Moix et Béatrice Pichon, « Bringing science to the public in the light of evolution », Biology Methods and Protocols, vol. 8, no 1,‎ (ISSN 2396-8923, PMID 38152108, PMCID 10752581, DOI 10.1093/biomethods/bpad040, lire en ligne, consulté le )
  37. ↑ « More about Protein Spotlight », sur www.proteinspotlight.org (consulté le )
  38. ↑ « Protéines à la Une », sur www.prolune.org (consulté le )

Voir aussi

Articles connexes

Liens externes

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