Historia e hershme
Klubi u formua në 14 korrik 1972 si Unaza e Përpunimit të Thellë të Naftës,[1] dhe ata luajtën në Kategorinë e Tretë Shqiptare midis viteve 1973 dhe 1976. Por midis viteve 1976 dhe 1981, ata nuk u lejuan të merrnin pjesë në futbollin Shqiptar për shkak të ligjeve që kufizonin një ekip të vetëm nga çdo rreth. Ata filluan të luanin sërish në Kategorinë e Tretë në vitin 1981, të cilin e fituan përfundimisht në vitin 1986 dhe u ngjitën në Kategorinë e Dytë.[2] Klubi luajti në Kategorinë e Dytë për 10 vjet midis 1986 dhe 1996, ku ata u promovuan pas një sezoni të suksesshëm 1995–96, ku klubi shënoi 124 gola dhe pësoi vetëm 21,[3] pasi golashënuesi më i mirë ishte Agim Metaj, duke e bërë atë një rekord kombëtar që u shënua edhe nga revista prestigjioze franceze France Football. Megjithatë, pavarësisht sezonit të tyre të thyerjes së rekordit, ata përfunduan vetëm si nënkampionët e ligës, por megjithatë arritën ngjitjen në Kategorinë Superiore.
Ditë të arta
Në sezonin e tyre debutues në ligën më të mirë të futbollit shqiptar klubi përfundoi në vendin e 14-të nga 18 skuadra. Gjatë sezonit 1998–99, klubi përfundoi në vendin e tretë, vetëm 2 pikë prapa kampionit të ardhshëm KF Tirana, kjo i dha klubit një vend në Kupën UEFA për herë të parë.[4] Në eksperiencën e tyre të parë evropiane, KF Bylis luajti me sllovakët Inter Bratislava, të cilën e humbën 5–1 në total.[5] Sezonin pasardhës ata do të përfundonin sërish fuqishëm, këtë herë në vendin e 5-të, të përbashkët në pikë me skuadrën e vendit të 4-të Vllaznia Shkodër, me të cilën humbën 4–3 në play-off për vendin e Kupës Intertoto.[6] Në sezonin 2000–01, ata përfunduan sërish në vendin e 5-të dhe fituan një vend në UEFA Intertoto Cup, ku u takuan me skuadrën rumune FC Universitatea Craiova sezonin e ardhshëm.[7] Ata humbën 4–3 në total, pas një barazimi të paharrueshëm 3–3 jashtë në Rumani dhe një humbje 1–0 në shtëpi.
Historia e fundit dhe vitet e "ashensorit" (2002–tani)
KF Bylis më pas filloi të luftonte, duke rënë përfundimisht pas një sezoni të dobët 2002–03, i cili i pa ata të përfundonin në vendin e fundit me vetëm 26 pikë dhe 3 fitore nga 26 ndeshje.[8] Ata ranë përsëri në nivelin e tretë pas sezonit 2004–05 në të cilin shënuan vetëm 13 gola në ligë në total. Midis 2007 dhe 2009 klubi arriti promovime të njëpasnjëshme në Kategorinë Superiore për sezonin 2008–09. Besnik Kapllanaj ishte president i klubit nga viti 2006 deri në 2014 dhe zotëronte 75% të aksioneve në klub, me 25% të mbetur në pronësi të Bashkisë Ballsh.[9] Më 15 mars 2014 në ndeshjen në shtëpi kundër KF Laçi, presidenti i klubit u përfshi në një sherr me kreun e garave të FSHF-së, Besnik Çela.[10] Kapllanaj ka goditur me shkop në kokë delegatin e FSHF-së Çela. Pasi u akordua një penallti kundër Laçit, presidenti i këtij të fundit, Pashk Laska, urdhëroi Erjon Vuçaj që të humbasë penalltinë me dashje.[11] Kapllanaj dhunoi fizikisht lojtarët e Laçit dhe Besnik Çelën, duke shkaktuar kaos.[12] Më 19 mars, Kapllanaj dha dorëheqjen,[13] dhe FSHF e dënoi atë me ndalim të përjetshëm si dhe e përjashtoi klubin nga Kategoria Superiore 2013–14, duke e zbritur në Kategoria e Parë për sezonin 2014–15.[14]
Sezonet pasuese vazhduan "ashensorin" e klubit mes dy niveleve kryesore. Në sezonin 2015–16, Bylis ishte në Kategorinë Superiore (si kampion i Kategorisë së Parë 2014–15), por u rendit i 9-ti dhe ra sërish nga kategoria.[15] Qëndrimi i shkurtër në elitë u pasua nga një rënie tjetër në Kategoria e Parë në 2016–17. Më pas, Bylis u ngjit sërish në Kategorinë Superiorepër sezonin 2019–20, pas mbylljes së Kategorisë së Parë në vendin e parë në 2018–19. Megjithatë, klubi nuk mundi të stabilizohej, duke rënë pas çdo promovimi, si në fund të sezonit 2019–20, kur ranë sërish. Bylis fitoi sërish Kategorinë e Parë në sezonin 2021–22,[16] duke u rikthyer në Kategorinë Superiore për sezonin 2022–23, por u rendit i 9-ti dhe ra në Kategoria e Parë për sezonin 2023–24. Në sezonin 2023–24, Bylis e mbylli kampionatin si nënkampion i Kategorisë së Parë dhe arriti të fitojë ngjitjen direkte. Aktualisht, në sezonin 2025–26, klubi luan në Kategorinë Superiore, duke vazhduar ciklin e luhatjeve midis dy niveleve më të larta të futbollit shqiptar.[17]