Pseudomonadati

Pseudomonadati
Cellule di E. coli ingrandite di 25000
Classificazione scientifica
DominioBacteria
RegnoPseudomonadati (Gibbons and Murray 1978) Oren and Göker 2024

Pseudomonadati (Gibbons and Murray 1978) Oren and Göker 2024[1] è un regno che comprende circa un terzo delle specie procariotiche, perlopiù batteri gram-negativi e loro affini.[2] È il taxon più strettamente imparentato con un regno di batteri ancora più grande, i Bacillati, che sono perlopiù batteri gram-positivi.[2][3]

Nome

Il nome sinonimo "Hydrobacteria" (idro = "acqua") si riferisce all'ambiente umido ipotizzato per l'antenato comune di queste specie. Al contrario, le specie di Bacillati possiedono adattamenti per la vita sulla terraferma.[2][3] Dal 2024, l'unico nome validamente pubblicato per questo gruppo è regno Pseudomonadati (in precedenza non ce n'era alcuno, poiché nelle versioni precedenti del Codice dei Procarioti non potevano esistere livelli superiori al phylum).[4]

"Gracilicutes", descritto nel 1978 da Gibbons e Murray,[5] viene talvolta utilizzato al posto di Pseudomonadati. Tuttavia, "Gracilicutes" includeva anche i cianobatteri (un membro dei Bacillati) e non era costruito secondo il sistema a tre domini ora generalmente accettato.[5] Nel 2006 Thomas Cavalier-Smith propose una ridefinizione di "Gracilicutes",[6] che tuttavia non includeva una filogenesi molecolare o analisi statistiche. Inoltre, non seguiva il sistema a tre domini, sostenendo invece che la linea degli eucarioti + Archaea è annidato all'interno dei Bacteria come un parente stretto degli Actinomycetota, un albero non supportato da alcuna filogenesi molecolare.

Evoluzione

Si è ipotizzato che Pseudomonadati e Bacillati si siano separati circa 3 miliardi di anni fa, suggerendo che a quell'epoca la terraferma (i continenti) fosse già stata colonizzata dai procarioti.[2]

Filogenesi

Essi includono i seguenti superphyla e phyla: Acidobacteriota, Aquificota, Bdellovibrionota, Campylobacterota, Deferribacterota, Dependentiae, Desulfobacterota, Desulfuromonadota, Elusimicrobiota, superphylum FCB, Myxococcota, Nitrospirota, Proteobacteria, superphylum PVC e Spirochaetota.[7][8]

Alcune analisi filogenetiche molecolari senza radice[9][10] non hanno supportato questa dicotomia tra Bacillati e Pseudomonadati, ma le più recenti analisi genomiche,[7][8] comprese quelle che si sono concentrate sulla radice dell'albero,[7] hanno riscontrato che questi due gruppi sono monofiletici.

Insieme, Pseudomonadati e Bacillati formano un grande clade che comprende il 97% dei procarioti e il 99% di tutte le specie di batteri conosciute fino al 2009, che Battistuzzi e Hedges hanno collocato nel taxon proposto Selabacteria, in riferimento alle loro capacità fototrofiche (dal greco σέλας = luce).[11] Attualmente, i phyla batterici che si trovano al di fuori di Pseudomonadati + Bacillati, e che quindi giustificano il taxon Selabacteria, sono oggetto di dibattito e potrebbero includere o meno i Fusobacteria.[7][8]

La definizione di due divisioni principali all'interno del dominio Bacteria, Pseudomonadati e Bacillati, deriva in gran parte da analisi filogenetiche radicate dei genomi.[2][3][7][8] Le analisi non radicate non hanno pienamente supportato questa divisione.[9][10]

Un albero filogenetico da Battistuzzi and Hedges (2009) mostra le divisioni Pseudomonadati (sin. "Hydrobacteria") e Bacillati (sin. "Terrabacteria").[2][3]

Le due recenti analisi della filogenesi batterica hanno supportato la divisione di Pseudomonadati e Bacillati.[7][8] Tuttavia, hanno interpretato l'evoluzione della parete cellulare in modo differente, con una che ha concluso che l'ultimo antenato comune dei Bacteria era un monoderma (batteri Gram-positivi[7]) e l'altra che ha concluso che era un diderma (batteri Gram-negativi[8]). Il seguente albero è ridisegnato da uno di questi due recenti studi,[7] che mostra la filogenesi dei phyla e superphyla batterici, con la posizione dei Fusobacteria non risolta e DST il parente più prossimo dei Bacillati:

Una filogenesi dei phyla e superphyla batterici secondo Coleman et al. (2021).[7] Pseudomonadati era riferito come "Gracilicutes" in questo studio

La tassonomia correntemente accettata è basata sulla List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)[12] e National Center for Biotechnology Information (NCBI).[13]

Basato su 120 proteine marker GTDB 10-RS226[14][15][16]
Pseudomonadati
 

"Muiribacteriota" (incl. "Rifleibacteriota", "Walliibacteriota")

 
 
 
 

"Lindowiibacteriota"

 
 
 
 

"Macinerneyibacteriota"

 
 
 

"Babelota"

 
 

Campylobacterota

 
 
 
 

Spirochaetota

 
 
 
 
 
 
 

"Goldiibacteriota"

 
 

"Firestoneibacteriota"

 
 
 
 

"Ryujiniota"

 
 
 

Elusimicrobiota

 
 
 

"Desantisiibacteriota"

 
 
 

"Aerophobota"

 
 
 

"Ratteibacteriota"

 
 

"Omnitrophota"

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

OLB16 ("Hinthialibacterota")

 
 

"Sumerlaeota"

 
 
 
 

"Poribacteriota"

 
 
 

"Abyssobacterota"

 
 

"Hydrogenedentota"

 
 
 
 
 
 
"Planctobacteria"
 

Planctomycetota

 
 
 

"Auribacterota"

 
 
 

Chlamydiota

 
 

Verrucomicrobiota (incl.Kiritimatiellota, Lentisphaerota)

 
 
 
 
 
 

{"FCB group"}

 
 
 
 

{"Proteobacteria"}

 
 
 
 
 

Phyla non assegnati:

  • "Canglongiota" Zhang et al. 2022
  • Fidelibacterota Katayama et al. 2024 [incl. "Neomarinimicrobiota" Rinke et al. 2013]
  • "Heilongiota" Zhang et al. 2022
  • "Nitrosediminicolota" Zhao, Jorgensen & Babbin 2024
  • "Saltatorellota" Wiegand et al. 2019
  • "Tianyaibacteriota" corrig. Cui et al. 2021

Note

  1. ↑ (EN) Kingdom: Pseudomonadati, su lpsn.dsmz.de. URL consultato il 12 giugno 2026.
  2. 1 2 3 4 5 6 (EN) F. U. Battistuzzi e S. B. Hedges, A Major Clade of Prokaryotes with Ancient Adaptations to Life on Land, in Molecular Biology and Evolution, vol. 26, n. 2, 1º febbraio 2009, pp. 335–343, DOI:10.1093/molbev/msn247. URL consultato il 12 giugno 2026.
  3. 1 2 3 4 (EN) Fabia U. Battistuzzi, Andreia Feijao e S. Blair Hedges, A genomic timescale of prokaryote evolution: insights into the origin of methanogenesis, phototrophy, and the colonization of land, in BMC Evolutionary Biology, vol. 4, n. 1, 9 novembre 2004, pp. 44, DOI:10.1186/1471-2148-4-44. URL consultato il 12 giugno 2026.
  4. ↑ Markus Göker e Aharon Oren, Valid publication of names of two domains and seven kingdoms of prokaryotes, in International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 74, n. 1, 2024, pp. 006242, DOI:10.1099/ijsem.0.006242. URL consultato il 12 giugno 2026.
  5. 1 2 N. E. GIBBONS e R. G.E. MURRAY, Proposals Concerning the Higher Taxa of Bacteria, in International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 28, n. 1, 1978, pp. 1–6, DOI:10.1099/00207713-28-1-1. URL consultato il 12 giugno 2026.
  6. ↑ Thomas Cavalier-Smith, Rooting the tree of life by transition analyses, in Biology Direct, vol. 1, 11 luglio 2006, pp. 19, DOI:10.1186/1745-6150-1-19. URL consultato il 12 giugno 2026.
  7. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Gareth Coleman, Adrián A. Davín e Tara Mahendrarajah, A rooted phylogeny resolves early bacterial evolution, in Science, vol. 372, n. 6542, 7 maggio 2021, DOI:10.1126/science.abe0511. URL consultato il 12 giugno 2026.
  8. 1 2 3 4 5 6 Raphaël R. Léonard, Eric Sauvage e Valérian Lupo, Was the Last Bacterial Common Ancestor a Monoderm after All?, in Genes, vol. 13, n. 2, 18 febbraio 2022, pp. 376, DOI:10.3390/genes13020376. URL consultato il 12 giugno 2026.
  9. 1 2 (EN) Laura A. Hug, Brett J. Baker e Karthik Anantharaman, A new view of the tree of life, in Nature Microbiology, vol. 1, n. 5, 11 aprile 2016, pp. 16048, DOI:10.1038/nmicrobiol.2016.48. URL consultato il 12 giugno 2026.
  10. 1 2 Qiyun Zhu, Uyen Mai e Wayne Pfeiffer, Phylogenomics of 10,575 genomes reveals evolutionary proximity between domains Bacteria and Archaea, in Nature Communications, vol. 10, n. 1, 2 dicembre 2019, pp. 5477, DOI:10.1038/s41467-019-13443-4. URL consultato il 12 giugno 2026.
  11. ↑ Battistuzzi, FU; Hedges, SB (2009). "Eubacteria". In Hedges, SB; Kumar, S (eds.). The Timetree of Life. New York: Oxford University Press. pp. 106–115
  12. ↑ (EN) Heike M Freese, Jan P Meier-Kolthoff e Joaquim Sardà Carbasse, TYGS and LPSN in 2025: a Global Core Biodata Resource for genome-based classification and nomenclature of prokaryotes within DSMZ Digital Diversity, in Nucleic Acids Research, vol. 54, D1, 6 gennaio 2026, pp. D884 – D891, DOI:10.1093/nar/gkaf1110. URL consultato il 12 giugno 2026.
  13. ↑ (EN) C.L. Schoch et al., Pseudomonadati, su ncbi.nlm.nih.gov, National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. URL consultato il 5 giugno 2025.
  14. ↑ GTDB release 10-RS226, su Genome Taxonomy Database. URL consultato il 1º maggio 2025.
  15. ↑ bac120_r226.sp_label, su Genome Taxonomy Database. URL consultato il 1º maggio 2025.
  16. ↑ Taxon History, su Genome Taxonomy Database. URL consultato il 1º maggio 2025.
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