SYNM

SYNM
Ідентифікатори
Символи	SYNM, DMN, SYN, synemin
Зовнішні ІД	OMIM: 606087 MGI: 2661187 HomoloGene: 9081 GeneCards: SYNM
Онтологія гена
Молекулярна функція	• vinculin binding; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • structural molecule activity; • intermediate filament binding; • structural constituent of cytoskeleton; • structural constituent of muscle;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • міжклітинні контакти; • costamere; • мембрана; • цитоскелет; • Проміжні філаменти; • Адгезивні контакти; • neurofilament cytoskeleton; • Сарколема;
Біологічний процес	• intermediate filament cytoskeleton organization; • fast-twitch skeletal muscle fiber contraction;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
	23336
	233335
	ENSG00000182253
	ENSMUSG00000030554
	O15061
	Q70IV5
	NM_145728; NM_015286
	NM_183312; NM_201639; NM_207663
	NP_056101; NP_663780
	NP_899135; NP_964001; NP_997546
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

SYNM (англ. Synemin) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 15-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 565 амінокислот, а молекулярна маса — 172 768^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MLSWRLQTGP	EKAELQELNA	RLYDYVCRVR	ELERENLLLE	EELRGRRGRE
GLWAEGQARC	AEEARSLRQQ	LDELSWATAL	AEGERDALRR	ELRELQRLDA
EERAARGRLD	AELGAQQREL	QEALGARAAL	EALLGRLQAE	RRGLDAAHER
DVRELRARAA	SLTMHFRARA	TGPAAPPPRL	REVHDSYALL	VAESWRETVQ
LYEDEVRELE	EALRRGQESR	LQAEEETRLC	AQEAEALRRE	ALGLEQLRAR
LEDALLRMRE	EYGIQAEERQ	RAIDCLEDEK	ATLTLAMADW	LRDYQDLLQV
KTGLSLEVAT	YRALLEGESN	PEIVIWAEHV	ENMPSEFRNK	SYHYTDSLLQ
RENERNLFSR	QKAPLASFNH	SSALYSNLSG	HRGSQTGTSI	GGDARRGFLG
SGYSSSATTQ	QENSYGKAVS	SQTNVRTFSP	TYGLLRNTEA	QVKTFPDRPK
AGDTREVPVY	IGEDSTIARE	SYRDRRDKVA	AGASESTRSN	ERTVILGKKT
EVKATREQER	NRPETIRTKP	EEKMFDSKEK	ASEERNLRWE	ELTKLDKEAR
QRESQQMKEK	AKEKDSPKEK	SVREREVPIS	LEVSQDRRAE	VSPKGLQTPV
KDAGGGTGRE	AEARELRFRL	GTSDATGSLQ	GDSMTETVAE	NIVTSILKQF
TQSPETEASA	DSFPDTKVTY	VDRKELPGER	KTKTEIVVES	KLTEDVDVSD
EAGLDYLLSK	DIKEVGLKGK	SAEQMIGDII	NLGLKGREGR	AKVVNVEIVE
EPVSYVSGEK	PEEFSVPFKV	EEVEDVSPGP	WGLVKEEEGY	GESDVTFSVN
QHRRTKQPQE	NTTHVEEVTE	AGDSEGEQSY	FVSTPDEHPG	GHDRDDGSVY
GQIHIEEEST	IRYSWQDEIV	QGTRRRTQKD	GAVGEKVVKP	LDVPAPSLEG
DLGSTHWKEQ	ARSGEFHAEP	TVIEKEIKIP	HEFHTSMKGI	SSKEPRQQLV
EVIGQLEETL	PERMREELSA	LTREGQGGPG	SVSVDVKKVQ	GAGGSSVTLV
AEVNVSQTVD	ADRLDLEELS	KDEASEMEKA	VESVVRESLS	RQRSPAPGSP
DEEGGAEAPA	AGIRFRRWAT	RELYIPSGES	EVAGGASHSS	GQRTPQGPVS
ATVEVSSPTG	FAQSQVLEDV	SQAARHIKLG	PSEVWRTERM	SYEGPTAEVV
EVSAGGDLSQ	AASPTGASRS	VRHVTLGPGQ	SPLSREVIFL	GPAPACPEAW
GSPEPGPAES	SADMDGSGRH	STFGCRQFHA	EKEIIFQGPI	SAAGKVGDYF
ATEESVGTQT	SVRQLQLGPK	EGFSGQIQFT	APLSDKVELG	VIGDSVHMEG
LPGSSTSIRH	ISIGPQRHQT	TQQIVYHGLV	PQLGESGDSE	STVHGEGSAD
VHQATHSHTS	GRQTVMTEKS	TFQSVVSESP	QEDSAGDTSG	AEMTSGVSRS
FRHIRLGPTE	TETSEHIAIR	GPVSRTFVLA	GSADSPELGK	LADSSRTLRH
IAPGPKETSF	TFQMDVSNVE	AIRSRTQEAG	ALGVSDRGSW	RDADSRNDQA
VGVSFKASAG	EGDQAHREQG	KEQAMFDKKV	QLQRMVDQRS	VISDEKKVAL
LYLDNEEEEN	DGHWF

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, цитоскелеті, клітинних контактах, проміжних філаментах.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Bhosle R.C., Michele D.E., Campbell K.P., Li Z., Robson R.M. (2006). Interactions of intermediate filament protein synemin with dystrophin and utrophin. Biochem. Biophys. Res. Commun. 346: 768—777. PMID 16777071 doi:10.1016/j.bbrc.2006.05.192
Sun N., Critchley D.R., Paulin D., Li Z., Robson R.M. (2008). Human alpha-synemin interacts directly with vinculin and metavinculin. Biochem. J. 409: 657—667. PMID 18028034 doi:10.1042/BJ20071188
Sun N., Critchley D.R., Paulin D., Li Z., Robson R.M. (2008). Identification of a repeated domain within mammalian alpha-synemin that interacts directly with talin. Exp. Cell Res. 314: 1839—1849. PMID 18342854 doi:10.1016/j.yexcr.2008.01.034
Mizuno Y., Puca A.A., O'Brien K.F., Beggs A.H., Kunkel L.M. (2001). Genomic organization and single-nucleotide polymorphism map of desmuslin, a novel intermediate filament protein on chromosome 15q26.3. BMC Genet. 2: 8—8. PMID 11454237 doi:10.1186/1471-2156-2-8

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:24466 (англ.) . Архів оригіналу за 28 травня 2017. Процитовано 11 вересня 2017. [Архівовано 2017-05-28 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, O15061 (англ.) . Архів оригіналу за 15 червня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 15

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:24466 (англ.) . Архів оригіналу за 28 травня 2017. Процитовано 11 вересня 2017. [Архівовано 2017-05-28 у Wayback Machine.]

[UniProt-4] UniProt, O15061 (англ.) . Архів оригіналу за 15 червня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]