COL9A1

COL9A1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2UUR
Ідентифікатори
Символи	COL9A1, DJ149L1.1.2, EDM6, MED, STL4, collagen type IX alpha 1, collagen type IX alpha 1 chain
Зовнішні ІД	OMIM: 120210 MGI: 88465 HomoloGene: 1393 GeneCards: COL9A1
Онтологія гена
Молекулярна функція	• extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength; • зв’язування з іоном металу; • extracellular matrix structural constituent;
Клітинна компонента	• collagen type IX trimer; • extracellular region; • колаген; • endoplasmic reticulum lumen; • міжклітинний простір; • GO:0005578 Позаклітинна матриця; • collagen-containing extracellular matrix;
Біологічний процес	• animal organ morphogenesis; • extracellular matrix organization;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	1297
	12839
	ENSG00000112280
	ENSMUSG00000026147
	P20849
	Q05722
	NM_001851; NM_078485; NM_001377289; NM_001377290; NM_001377291
	NM_001290691; NM_007740
	NP_001842; NP_511040; NP_001364218; NP_001364219; NP_001364220
	NP_001277620; NP_031766
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

COL9A1 (англ. Collagen type IX alpha 1 chain) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 921 амінокислот, а молекулярна маса — 91 869^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MKTCWKIPVF	FFVCSFLEPW	ASAAVKRRPR	FPVNSNSNGG	NELCPKIRIG
QDDLPGFDLI	SQFQVDKAAS	RRAIQRVVGS	ATLQVAYKLG	NNVDFRIPTR
NLYPSGLPEE	YSFLTTFRMT	GSTLKKNWNI	WQIQDSSGKE	QVGIKINGQT
QSVVFSYKGL	DGSLQTAAFS	NLSSLFDSQW	HKIMIGVERS	SATLFVDCNR
IESLPIKPRG	PIDIDGFAVL	GKLADNPQVS	VPFELQWMLI	HCDPLRPRRE
TCHELPARIT	PSQTTDERGP	PGEQGPPGPP	GPPGVPGIDG	IDGDRGPKGP
PGPPGPAGEP	GKPGAPGKPG	TPGADGLTGP	DGSPGSIGSK	GQKGEPGVPG
SRGFPGRGIP	GPPGPPGTAG	LPGELGRVGP	VGDPGRRGPP	GPPGPPGPRG
TIGFHDGDPL	CPNACPPGRS	GYPGLPGMRG	HKGAKGEIGE	PGRQGHKGEE
GDQGELGEVG	AQGPPGAQGL	RGITGIVGDK	GEKGARGLDG	EPGPQGLPGA
PGDQGQRGPP	GEAGPKGDRG	AEGARGIPGL	PGPKGDTGLP	GVDGRDGIPG
MPGTKGEPGK	PGPPGDAGLQ	GLPGVPGIPG	AKGVAGEKGS	TGAPGKPGQM
GNSGKPGQQG	PPGEVGPRGP	QGLPGSRGEL	GPVGSPGLPG	KLGSLGSPGL
PGLPGPPGLP	GMKGDRGVVG	EPGPKGEQGA	SGEEGEAGER	GELGDIGLPG
PKGSAGNPGE	PGLRGPEGSR	GLPGVEGPRG	PPGPRGVQGE	QGATGLPGVQ
GPPGRAPTDQ	HIKQVCMRVI	QEHFAEMAAS	LKRPDSGATG	LPGRPGPPGP
PGPPGENGFP	GQMGIRGLPG	IKGPPGALGL	RGPKGDLGEK	GERGPPGRGP
NGLPGAIGLP	GDPGPASYGR	NGRDGERGPP	GVAGIPGVPG	PPGPPGLPGF
CEPASCTMQA	GQRAFNKGPD	P

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у позаклітинному матриксі. Також секретований назовні.

Література

Muragaki Y., Kimura T., Ninomiya Y., Olsen B.R. (1990). The complete primary structure of two distinct forms of human alpha 1 (IX) collagen chains. Eur. J. Biochem. 192: 703—708. PMID 2209617 doi:10.1111/j.1432-1033.1990.tb19279.x
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Diab M., Wu J.J., Eyre D.R. (1996). Collagen type IX from human cartilage: a structural profile of intermolecular cross-linking sites. Biochem. J. 314: 327—332. PMID 8660302 doi:10.1042/bj3140327
Muragaki Y., Nishimura I., Henney A., Ninomiya Y., Olsen B.R. (1990). The alpha 1 (IX) collagen gene gives rise to two different transcripts in both mouse embryonic and human fetal RNA. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87: 2400—2404. PMID 1690886 doi:10.1073/pnas.87.7.2400

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2217 (англ.) . Архів оригіналу за 15 вересня 2015. Процитовано 6 вересня 2017. [Архівовано 2015-09-15 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, P20849 (англ.) . Архів оригіналу за 27 листопада 2017. Процитовано 6 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 6

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2217 (англ.) . Архів оригіналу за 15 вересня 2015. Процитовано 6 вересня 2017. [Архівовано 2015-09-15 у Wayback Machine.]

[UniProt-4] UniProt, P20849 (англ.) . Архів оригіналу за 27 листопада 2017. Процитовано 6 вересня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]