| CDX1
|
|---|
|
| Ідентифікатори
|
|---|
| Символи
| CDX1, caudal type homeobox 1, Homeobox protein CDX-1 |
|---|
| Зовнішні ІД |
OMIM: 600746 MGI: 88360 HomoloGene: 1366 GeneCards: CDX1
|
|---|
| Онтологія гена |
|---|
| Молекулярна функція |
• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • DNA binding • sequence-specific DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • methyl-CpG binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding
|
|---|
| Клітинна компонента |
• клітинне ядро
|
|---|
| Біологічний процес |
• animal organ morphogenesis • multicellular organism development • pattern specification process • bone morphogenesis • диференціація клітин • anterior/posterior axis specification • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of somitogenesis • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • anterior/posterior pattern specification • transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
|
|---|
| Джерела:Amigo / QuickGO | |
| Шаблон експресії |
|---|
 |
| Більше даних
|
| Ортологи |
|---|
| Види |
Людина |
Миша |
|---|
| Entrez | |
|
|---|
| Ensembl |
|
|
|---|
| UniProt |
|
|
|---|
| RefSeq (мРНК) |
| |
|---|
| RefSeq (білок) |
| |
|---|
| Локус (UCSC) |
Хр. 5: 150.17 – 150.18 Mb
| Хр. 18: 61.15 – 61.17 Mb
|
|---|
| PubMed search |
[1]
| [2] |
|---|
| Вікідані |
|
CDX1 (англ. Caudal type homeobox 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 5-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 265 амінокислот, а молекулярна маса — 28 138[4].
Послідовність амінокислот
| 10
|
|
20
|
|
30
|
|
40
|
|
50
|
| MYVGYVLDKD
|
|
SPVYPGPARP
|
|
ASLGLGPQAY
|
|
GPPAPPPAPP
|
|
QYPDFSSYSH
|
| VEPAPAPPTA
|
|
WGAPFPAPKD
|
|
DWAAAYGPGP
|
|
AAPAASPASL
|
|
AFGPPPDFSP
|
| VPAPPGPGPG
|
|
LLAQPLGGPG
|
|
TPSSPGAQRP
|
|
TPYEWMRRSV
|
|
AAGGGGGSGK
|
| TRTKDKYRVV
|
|
YTDHQRLELE
|
|
KEFHYSRYIT
|
|
IRRKSELAAN
|
|
LGLTERQVKI
|
| WFQNRRAKER
|
|
KVNKKKQQQQ
|
|
QPPQPPMAHD
|
|
ITATPAGPSL
|
|
GGLCPSNTSL
|
| LATSSPMPVK
|
|
EEFLP
|
Кодований геном білок за функціями належить до активаторів, білків розвитку.
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм, альтернативний сплайсинг.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі.
Література
- Bonner C.A., Lofus S.K., Wasmuth J.J. (1995). Isolation, characterization, and precise physical localization of human CDX1, a caudal-type homeobox gene. Genomics. 28: 206—211. PMID 8530027 doi:10.1006/geno.1995.1132
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
- Serra R.W., Fang M., Park S.M., Hutchinson L., Green M.R. (2014). A KRAS-directed transcriptional silencing pathway that mediates the CpG island methylator phenotype. Elife. 3: E02313—E02313. PMID 24623306 doi:10.7554/eLife.02313
Примітки
Див. також
|
|---|
(1) Основні домени |
|---|
| (1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
|---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
|---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
|---|
| (1.4) NF-1 | |
|---|
| (1.5) RF-X | |
|---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
|---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
|---|
| (2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | | підродина 1 | |
|---|
| підродина 2 | |
|---|
| підродина 3 | |
|---|
| підродина 4 | |
|---|
| підродина 5 | |
|---|
| підродина 6 | |
|---|
| підродина 0 | |
|---|
|
|---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
|---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
|---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
|---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
|---|
| (2.6) WRKY | |
|---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
|---|
| (3.1) Гомеобокс | |
|---|
| (3.2) Парний бокс | |
|---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
|---|
| (3.4) Фактори теплового шоку | |
|---|
| (3.5) Триптофановий кластер | |
|---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
|---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
|---|
| (4.1) RHR | |
|---|
| (4.2) STAT | |
|---|
| (4.3) p53 | |
|---|
| (4.4) MADS | |
|---|
| (4.6) TATA | |
|---|
| (4.7) Високомобільна група | |
|---|
| (4.9) Grainyhead | |
|---|
| (4.10) Домен холодового шоку | |
|---|
| (4.11) Runt | |
|---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
|---|
| (0.2) HMGI(Y) | |
|---|
| (0.3) Pocket домен | |
|---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні | |
|---|
| (0.6) Інші | |
|---|
|
|