HMGB1

HMGB1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2LY4, 2RTU, 2YRQ
Ідентифікатори
Символи	HMGB1, HMG1, HMG3, SBP-1, HMG-1, high mobility group box 1, HMGB-1
Зовнішні ІД	OMIM: 163905 HomoloGene: 110676 GeneCards: HMGB1
Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity; • bubble DNA binding; • DNA polymerase binding; • C-X-C chemokine binding; • transcription factor binding; • phosphatidylserine binding; • lipopolysaccharide binding; • lyase activity; • single-stranded DNA binding; • damaged DNA binding; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • DNA binding, bending; • supercoiled DNA binding; • DNA binding; • four-way junction DNA binding; • RAGE receptor binding; • chemoattractant activity; • RNA binding; • зв’язування дволанцюгових ДНК; • double-stranded RNA binding; • single-stranded RNA binding; • cytokine activity; • calcium-dependent protein kinase regulator activity; • protein kinase activator activity; • GO:0001105 transcription coactivator activity; • integrin binding;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • ендосома; • мембрана; • transcription repressor complex; • extracellular region; • клітинне ядро; • cell surface; • клітинна мембрана; • нуклеоплазма; • хромосома; • condensed chromosome; • endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment; • secretory granule lumen; • ficolin-1-rich granule lumen; • міжклітинний простір; • early endosome; • neuron projection; • alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex;
Біологічний процес	• T-helper 1 cell activation; • apoptotic DNA fragmentation; • адаптивна імунна відповідь; • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II; • positive regulation of DNA ligation; • positive regulation of JNK cascade; • cellular response to DNA damage stimulus; • apoptotic cell clearance; • positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process; • positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway; • negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly; • positive regulation of dendritic cell differentiation; • positive regulation of DNA binding; • neuron projection development; • negative regulation of blood vessel endothelial cell migration; • positive regulation of interleukin-12 production; • positive regulation of monocyte chemotaxis; • activation of innate immune response; • DNA ligation involved in DNA repair; • вроджений імунітет; • inflammatory response; • GO:0100026 Репарація ДНК; • positive regulation of MAPK cascade; • positive regulation of activated T cell proliferation; • DNA geometric change; • DNA recombination; • inflammatory response to antigenic stimulus; • positive regulation of interleukin-10 production; • процес імунної системи; • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • regulation of restriction endodeoxyribonuclease activity; • хемотаксис; • positive regulation of mismatch repair; • negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation; • positive regulation of cytosolic calcium ion concentration; • T-helper 1 cell differentiation; • dendritic cell chemotaxis; • автофагія; • neutrophil clearance; • V(D)J-рекомбінація; • positive regulation of apoptotic process; • DNA topological change; • positive chemotaxis; • toll-like receptor signaling pathway; • neutrophil degranulation; • розвиток ока; • myeloid dendritic cell activation; • positive regulation of protein phosphorylation; • endothelial cell proliferation; • plasmacytoid dendritic cell activation; • macrophage activation involved in immune response; • regulation of tolerance induction; • regulation of T cell mediated immune response to tumor cell; • base-excision repair; • regulation of autophagy; • lung development; • activation of protein kinase activity; • positive regulation of interferon-alpha production; • positive regulation of interferon-beta production; • positive regulation of interleukin-6 production; • positive regulation of tumor necrosis factor production; • positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway; • positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway; • endothelial cell chemotaxis; • positive regulation of innate immune response; • positive regulation of myeloid cell differentiation; • positive regulation of glycogen catabolic process; • regulation of protein kinase activity; • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • response to glucocorticoid; • positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade; • positive regulation of wound healing; • positive regulation of NIK/NF-kappaB signaling; • positive regulation of sprouting angiogenesis; • negative regulation of apoptotic cell clearance; • regulation of nucleotide-excision repair; • regulation of signaling receptor activity; • ремоделювання хроматину; • positive regulation of autophagy; • GO:0007571 розвойовий процес; • positive regulation of blood vessel endothelial cell migration; • cell chemotaxis; • cellular response to lipopolysaccharide; • positive regulation of vascular endothelial cell proliferation; • negative regulation of interferon-gamma production; • positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production; • cellular response to interleukin-7;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ; ; ;
	Більше даних
Ортологи
	3146
	321622
	ENSG00000189403
	ENSDARG00000099175
	P09429
	Q6NX86
	NM_001313892; NM_001313893; NM_002128
	NM_199555
NP_001300821; NP_001300822; NP_002119; NP_001350590; NP_001357268;
	NP_001357269; NP_001357270; NP_001300821.1; NP_001300822.1; NP_002119.1
	NP_955849
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

HMGB1 (англ. High mobility group box 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 13-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 215 амінокислот, а молекулярна маса — 24 894^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MGKGDPKKPR	GKMSSYAFFV	QTCREEHKKK	HPDASVNFSE	FSKKCSERWK
TMSAKEKGKF	EDMAKADKAR	YEREMKTYIP	PKGETKKKFK	DPNAPKRPPS
AFFLFCSEYR	PKIKGEHPGL	SIGDVAKKLG	EMWNNTAADD	KQPYEKKAAK
LKEKYEKDIA	AYRAKGKPDA	AKKGVVKAEK	SKKKKEEEED	EEDEEDEEEE
EDEEDEDEEE	DDDDE

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у таких біологічних процесах як адаптивний імунітет, імунітет, вроджений імунітет, запальна відповідь, пошкодження ДНК, репарація ДНК, хемотаксис, рекомбінація ДНК, автофагія. Білок має сайт для зв'язування з ДНК. Локалізований у клітинній мембрані, цитоплазмі, ядрі, мембрані, хромосомах, ендосомах. Також секретований назовні.

Література

Wen L., Huang J.K., Johnson B.H., Reeck G.R. (1989). A human placental cDNA clone that encodes nonhistone chromosomal protein HMG-1. Nucleic Acids Res. 17: 1197—1214. PMID 2922262 doi:10.1093/nar/17.3.1197
Ferrari S., Finelli P., Rocchi M., Bianchi M.E. (1996). The active gene that encodes human high mobility group 1 protein (HMG1) contains introns and maps to chromosome 13. Genomics. 35: 367—371. PMID 8661151 doi:10.1006/geno.1996.0369
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Yuan F., Gu L., Guo S., Wang C., Li G.M. (2004). Evidence for involvement of HMGB1 protein in human DNA mismatch repair. J. Biol. Chem. 279: 20935—20940. PMID 15014079 doi:10.1074/jbc.M401931200
DeMarco R.A., Fink M.P., Lotze M.T. (2005). Monocytes promote natural killer cell interferon gamma production in response to the endogenous danger signal HMGB1. Mol. Immunol. 42: 433—444. PMID 15607795 doi:10.1016/j.molimm.2004.07.023
Bell C.W., Jiang W., Reich C.F., Pisetsky D.S. (2006). The extracellular release of HMGB1 during apoptotic cell death. Am. J. Physiol. 291: C1318—C1325. PMID 16855214 doi:10.1152/ajpcell.00616.2005

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:4983 (англ.) . Архів оригіналу за 26 березня 2016. Процитовано 27 лютого 2017. [Архівовано 2016-03-26 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, P09429 (англ.) . Архів оригіналу за 7 лютого 2017. Процитовано 27 лютого 2017.

Див. також

Хромосома 13

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:4983 (англ.) . Архів оригіналу за 26 березня 2016. Процитовано 27 лютого 2017. [Архівовано 2016-03-26 у Wayback Machine.]

[UniProt-4] UniProt, P09429 (англ.) . Архів оригіналу за 7 лютого 2017. Процитовано 27 лютого 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]