KDM5A

KDM5A
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2JXJ, 2KGG, 2KGI, 3GL6, 5C11, 5E6H, 5IWF, 5IVV, 5ISL, 5CEH, 5IVB
Ідентифікатори
Символи	KDM5A, RBBP-2, RBBP2, RBP2, JARID1A, lysine demethylase 5A
Зовнішні ІД	OMIM: 180202 MGI: 2136980 HomoloGene: 3419 GeneCards: KDM5A
Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding; • GO:0001105 transcription coactivator activity; • chromatin binding; • dioxygenase activity; • зв’язування з іоном металу; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • oxidoreductase activity; • chromatin DNA binding; • histone demethylase activity; • core promoter sequence-specific DNA binding; • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity; • histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity; • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity; • zinc ion binding; • methylated histone binding; • GO:0031493 histone binding; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific;
Клітинна компонента	• cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex; • нуклеоплазма; • protein-DNA complex; • ядерце; • клітинне ядро; • histone methyltransferase complex;
Біологічний процес	• male gonad development; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • ритмічний процес; • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • transcription by RNA polymerase II; • circadian regulation of gene expression; • transcription, DNA-templated; • GO:0060469, GO:0009371 позитивна регуляція транскрипції, ДНК-шаблонна; • multicellular organism development; • Сперматогенез; • negative regulation of histone deacetylase activity; • histone H3-K9 demethylation; • histone H3-K4 demethylation; • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific; • regulation of DNA-binding transcription factor activity; • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization; • ремоделювання хроматину;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ;
	Більше даних
Ортологи
	5927
	214899
	ENSG00000073614
	ENSMUSG00000030180
	P29375
	Q3UXZ9
	NM_005056; NM_001042603
	NM_145997
	NP_001036068
	NP_666109
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

KDM5A (англ. Lysine demethylase 5A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 690 амінокислот, а молекулярна маса — 192 095^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MAGVGPGGYA	AEFVPPPECP	VFEPSWEEFT	DPLSFIGRIR	PLAEKTGICK
IRPPKDWQPP	FACEVKSFRF	TPRVQRLNEL	EAMTRVRLDF	LDQLAKFWEL
QGSTLKIPVV	ERKILDLYAL	SKIVASKGGF	EMVTKEKKWS	KVGSRLGYLP
GKGTGSLLKS	HYERILYPYE	LFQSGVSLMG	VQMPNLDLKE	KVEPEVLSTD
TQTSPEPGTR	MNILPKRTRR	VKTQSESGDV	SRNTELKKLQ	IFGAGPKVVG
LAMGTKDKED	EVTRRRKVTN	RSDAFNMQMR	QRKGTLSVNF	VDLYVCMFCG
RGNNEDKLLL	CDGCDDSYHT	FCLIPPLPDV	PKGDWRCPKC	VAEECSKPRE
AFGFEQAVRE	YTLQSFGEMA	DNFKSDYFNM	PVHMVPTELV	EKEFWRLVSS
IEEDVIVEYG	ADISSKDFGS	GFPVKDGRRK	ILPEEEEYAL	SGWNLNNMPV
LEQSVLAHIN	VDISGMKVPW	LYVGMCFSSF	CWHIEDHWSY	SINYLHWGEP
KTWYGVPSHA	AEQLEEVMRE	LAPELFESQP	DLLHQLVTIM	NPNVLMEHGV
PVYRTNQCAG	EFVVTFPRAY	HSGFNQGYNF	AEAVNFCTAD	WLPIGRQCVN
HYRRLRRHCV	FSHEELIFKM	AADPECLDVG	LAAMVCKELT	LMTEEETRLR
ESVVQMGVLM	SEEEVFELVP	DDERQCSACR	TTCFLSALTC	SCNPERLVCL
YHPTDLCPCP	MQKKCLRYRY	PLEDLPSLLY	GVKVRAQSYD	TWVSRVTEAL
SANFNHKKDL	IELRVMLEDA	EDRKYPENDL	FRKLRDAVKE	AETCASVAQL
LLSKKQKHRQ	SPDSGRTRTK	LTVEELKAFV	QQLFSLPCVI	SQARQVKNLL
DDVEEFHERA	QEAMMDETPD	SSKLQMLIDM	GSSLYVELPE	LPRLKQELQQ
ARWLDEVRLT	LSDPQQVTLD	VMKKLIDSGV	GLAPHHAVEK	AMAELQELLT
VSERWEEKAK	VCLQARPRHS	VASLESIVNE	AKNIPAFLPN	VLSLKEALQK
AREWTAKVEA	IQSGSNYAYL	EQLESLSAKG	RPIPVRLEAL	PQVESQVAAA
RAWRERTGRT	FLKKNSSHTL	LQVLSPRTDI	GVYGSGKNRR	KKVKELIEKE
KEKDLDLEPL	SDLEEGLEET	RDTAMVVAVF	KEREQKEIEA	MHSLRAANLA
KMTMVDRIEE	VKFCICRKTA	SGFMLQCELC	KDWFHNSCVP	LPKSSSQKKG
SSWQAKEVKF	LCPLCMRSRR	PRLETILSLL	VSLQKLPVRL	PEGEALQCLT
ERAMSWQDRA	RQALATDELS	SALAKLSVLS	QRMVEQAARE	KTEKIISAEL
QKAAANPDLQ	GHLPSFQQSA	FNRVVSSVSS	SPRQTMDYDD	EETDSDEDIR
ETYGYDMKDT	ASVKSSSSLE	PNLFCDEEIP	IKSEEVVTHM	WTAPSFCAEH
AYSSASKSCS	QGSSTPRKQP	RKSPLVPRSL	EPPVLELSPG	AKAQLEELMM
VGDLLEVSLD	ETQHIWRILQ	ATHPPSEDRF	LHIMEDDSME	EKPLKVKGKD
SSEKKRKRKL	EKVEQLFGEG	KQKSKELKKM	DKPRKKKLKL	GADKSKELNK
LAKKLAKEEE	RKKKKEKAAA	AKVELVKEST	EKKREKKVLD	IPSKYDWSGA
EESDDENAVC	AAQNCQRPCK	DKVDWVQCDG	GCDEWFHQVC	VGVSPEMAEN
EDYICINCAK	KQGPVSPGPA	PPPSFIMSYK	LPMEDLKETS

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, активаторів, регуляторів хроматину, білків розвитку, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Kim Y.W., Otterson G.A., Kratzke R.A., Coxon A.B., Kaye F.J. (1994). Differential specificity for binding of retinoblastoma binding protein 2 to RB, p107, and TATA-binding protein. Mol. Cell. Biol. 14: 7256—7264. PMID 7935440 doi:10.1128/MCB.14.11.7256
Mao S., Neale G.A.M., Goorha R.M. (1997). T-cell oncogene rhombotin-2 interacts with retinoblastoma-binding protein 2. Oncogene. 14: 1531—1539. PMID 9129143 doi:10.1038/sj.onc.1200988
Chan S.W., Hong W. (2001). Retinoblastoma-binding protein 2 (Rbp2) potentiates nuclear hormone receptor-mediated transcription. J. Biol. Chem. 276: 28402—28412. PMID 11358960 doi:10.1074/jbc.M100313200
Benevolenskaya E.V., Murray H.L., Branton P., Young R.A., Kaelin W.G. Jr. (2005). Binding of pRB to the PHD protein RBP2 promotes cellular differentiation. Mol. Cell. 18: 623—635. PMID 15949438 doi:10.1016/j.molcel.2005.05.012
Secombe J., Li L., Carlos L., Eisenman R.N. (2007). The Trithorax group protein Lid is a trimethyl histone H3K4 demethylase required for dMyc-induced cell growth. Genes Dev. 21: 537—551. PMID 17311883 doi:10.1101/gad.1523007

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9886 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, P29375 (англ.) . Архів оригіналу за 8 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 12

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9886 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)

[UniProt-4] UniProt, P29375 (англ.) . Архів оригіналу за 8 серпня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]