| RARA
|
|---|
 |
|
|
| Ідентифікатори
|
|---|
| Символи
| RARA, NR1B1, RAR, retinoic acid receptor alpha, RARalpha |
|---|
| Зовнішні ІД |
OMIM: 180240 MGI: 97856 HomoloGene: 20262 GeneCards: RARA
|
|---|
|
|
| Реагує на сполуку |
|---|
| Адапален, alitretinoin, tamibarotene, tazarotene, третиноїн[1] |
| Онтологія гена |
|---|
| Молекулярна функція |
• retinoic acid binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • protein domain specific binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity • mRNA 5'-UTR binding • signaling receptor binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • retinoic acid-responsive element binding • transcription factor binding • зв’язування з іоном металу • steroid hormone receptor activity • enzyme binding • zinc ion binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • DNA binding • sequence-specific DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • protein kinase A binding • protein kinase B binding • translation repressor activity, mRNA regulatory element binding • alpha-actinin binding • protein heterodimerization activity • chromatin DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • histone deacetylase binding • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • nuclear receptor coactivator activity • signaling receptor activity
|
|---|
| Клітинна компонента |
• цитоплазма • actin cytoskeleton • perinuclear region of cytoplasm • neuron projection • клітинне ядро • cell surface • нуклеоплазма • soma • дендрит (нейробіологія) • гіалоплазма • RNA polymerase II transcription regulator complex
|
|---|
| Біологічний процес |
• growth plate cartilage development • germ cell development • cellular response to retinoic acid • ureteric bud development • positive regulation of interleukin-5 production • prostate gland development • limb development • apoptotic cell clearance • chondroblast differentiation • regulation of granulocyte differentiation • protein phosphorylation • response to vitamin A • face development • Сперматогенез • response to ethanol • negative regulation of cell population proliferation • steroid hormone mediated signaling pathway • regulation of apoptotic process • response to cytokine • negative regulation of translation • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of cell differentiation • negative regulation of gene expression • transcription, DNA-templated • cellular response to estrogen stimulus • GO:0060469, GO:0009371 позитивна регуляція транскрипції, ДНК-шаблонна • positive regulation of cell cycle • regulation of myelination • positive regulation of neuron differentiation • negative regulation of tumor necrosis factor production • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • trachea cartilage development • glandular epithelial cell development • male gonad development • negative regulation of cartilage development • response to retinoic acid • negative regulation of granulocyte differentiation • multicellular organism growth • жіноча вагітність • negative regulation of apoptotic process • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of interleukin-4 production • regulation of synaptic plasticity • outflow tract septum morphogenesis • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of interferon-gamma production • response to estradiol • negative regulation of translational initiation • embryonic camera-type eye development • positive regulation of interleukin-13 production • neural tube closure • positive regulation of binding • retinoic acid receptor signaling pathway • GO:1901313 positive regulation of gene expression • Sertoli cell fate commitment • positive regulation of cell population proliferation • positive regulation of T-helper 2 cell differentiation • ventricular cardiac muscle cell differentiation • liver development • cellular response to lipopolysaccharide • bone development • hippocampus development • GO:0072468 сигнальна трансдукція • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • multicellular organism development • hormone-mediated signaling pathway • диференціація клітин • response to lipid • gland development • bone morphogenesis • epithelium development
|
|---|
| Джерела:Amigo / QuickGO | |
| Шаблон експресії |
|---|


 |
| Більше даних
|
| Ортологи |
|---|
| Види |
Людина |
Миша |
|---|
| Entrez | |
|
|---|
| Ensembl |
|
|
|---|
| UniProt |
|
|
|---|
| RefSeq (мРНК) |
| |
|---|
| RefSeq (білок) |
| |
|---|
| Локус (UCSC) |
Хр. 17: 40.31 – 40.36 Mb
| Хр. 11: 98.82 – 98.87 Mb
|
|---|
| PubMed search |
[2]
| [3] |
|---|
| Вікідані |
|
RARA (англ. Retinoic acid receptor alpha) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 462 амінокислот, а молекулярна маса — 50 771[5].
Послідовність амінокислот
| 10
|
|
20
|
|
30
|
|
40
|
|
50
|
| MASNSSSCPT
|
|
PGGGHLNGYP
|
|
VPPYAFFFPP
|
|
MLGGLSPPGA
|
|
LTTLQHQLPV
|
| SGYSTPSPAT
|
|
IETQSSSSEE
|
|
IVPSPPSPPP
|
|
LPRIYKPCFV
|
|
CQDKSSGYHY
|
| GVSACEGCKG
|
|
FFRRSIQKNM
|
|
VYTCHRDKNC
|
|
IINKVTRNRC
|
|
QYCRLQKCFE
|
| VGMSKESVRN
|
|
DRNKKKKEVP
|
|
KPECSESYTL
|
|
TPEVGELIEK
|
|
VRKAHQETFP
|
| ALCQLGKYTT
|
|
NNSSEQRVSL
|
|
DIDLWDKFSE
|
|
LSTKCIIKTV
|
|
EFAKQLPGFT
|
| TLTIADQITL
|
|
LKAACLDILI
|
|
LRICTRYTPE
|
|
QDTMTFSDGL
|
|
TLNRTQMHNA
|
| GFGPLTDLVF
|
|
AFANQLLPLE
|
|
MDDAETGLLS
|
|
AICLICGDRQ
|
|
DLEQPDRVDM
|
| LQEPLLEALK
|
|
VYVRKRRPSR
|
|
PHMFPKMLMK
|
|
ITDLRSISAK
|
|
GAERVITLKM
|
| EIPGSMPPLI
|
|
QEMLENSEGL
|
|
DTLSGQPGGG
|
|
GRDGGGLAPP
|
|
PGSCSPSLSP
|
| SSNRSSPATH
|
|
SP
|
Кодований геном білок за функціями належить до рецепторів, фосфопротеїнів.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг.
Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК.
Локалізований у цитоплазмі, ядрі.
Література
- Giguere V., Ong E.S., Segui P., Evans R.M. (1987). Identification of a receptor for the morphogen retinoic acid. Nature. 330: 624—629. PMID 2825036 doi:10.1038/330624a0
- Hjalt T.A.H., Murray J.C. (1999). Genomic structure of the human retinoic acid receptor-alpha1 gene. Mamm. Genome. 10: 528—529. PMID 10337631 doi:10.1007/s003359901036
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
- Brand N.J., Petkovich M., Chambon P. (1990). Characterization of a functional promoter for the human retinoic acid receptor-alpha (hRAR-alpha). Nucleic Acids Res. 18: 6799—6806. PMID 2175878 doi:10.1093/nar/18.23.6799
- Petkovich M., Brand N.J., Krust A., Chambon P. (1987). A human retinoic acid receptor which belongs to the family of nuclear receptors. Nature. 330: 444—450. PMID 2825025 doi:10.1038/330444a0
- Shao W., Halachmi S., Brown M. (2002). ERAP140, a conserved tissue-specific nuclear receptor coactivator. Mol. Cell. Biol. 22: 3358—3372. PMID 11971969 doi:10.1128/MCB.22.10.3358-3372.2002
Примітки
Див. також
|
|---|
(1) Основні домени |
|---|
| (1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
|---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
|---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
|---|
| (1.4) NF-1 | |
|---|
| (1.5) RF-X | |
|---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
|---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
|---|
| (2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | | підродина 1 | |
|---|
| підродина 2 | |
|---|
| підродина 3 | |
|---|
| підродина 4 | |
|---|
| підродина 5 | |
|---|
| підродина 6 | |
|---|
| підродина 0 | |
|---|
|
|---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
|---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
|---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
|---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
|---|
| (2.6) WRKY | |
|---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
|---|
| (3.1) Гомеобокс | |
|---|
| (3.2) Парний бокс | |
|---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
|---|
| (3.4) Фактори теплового шоку | |
|---|
| (3.5) Триптофановий кластер | |
|---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
|---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
|---|
| (4.1) RHR | |
|---|
| (4.2) STAT | |
|---|
| (4.3) p53 | |
|---|
| (4.4) MADS | |
|---|
| (4.6) TATA | |
|---|
| (4.7) Високомобільна група | |
|---|
| (4.9) Grainyhead | |
|---|
| (4.10) Домен холодового шоку | |
|---|
| (4.11) Runt | |
|---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
|---|
| (0.2) HMGI(Y) | |
|---|
| (0.3) Pocket домен | |
|---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні | |
|---|
| (0.6) Інші | |
|---|
|
|