RARB

RARB
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1HRA, 1XAP, 4DM6, 4DM8, 4JYG, 4JYH, 4JYI
Ідентифікатори
Символи	RARB, HAP, MCOPS12, NR1B2, RRB2, RARbeta1, retinoic acid receptor beta, RARbeta
Зовнішні ІД	OMIM: 180220 MGI: 97857 HomoloGene: 68100 GeneCards: RARB
Пов'язані генетичні захворювання
	morbid obesity, syndromic microphthalmia
Реагує на сполуку
	Адапален, alitretinoin, tamibarotene, tazarotene, третиноїн
Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding; • sequence-specific DNA binding; • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding; • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity; • zinc ion binding; • зв’язування з іоном металу; • steroid hormone receptor activity; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; • GO:0032403 protein-containing complex binding; • retinoid X receptor binding; • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding; • transcription factor binding; • nuclear receptor coactivator activity; • signaling receptor activity; • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • нуклеоплазма; • клітинне ядро; • RNA polymerase II transcription regulator complex;
Біологічний процес	• growth plate cartilage development; • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • Нейрогенез; • ureteric bud development; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • negative regulation of cartilage development; • multicellular organism growth; • embryonic eye morphogenesis; • positive regulation of programmed cell death; • negative regulation of apoptotic process; • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • retinal pigment epithelium development; • transcription, DNA-templated; • outflow tract septum morphogenesis; • negative regulation of chondrocyte differentiation; • retinoic acid receptor signaling pathway; • regulation of myelination; • retina development in camera-type eye; • positive regulation of neuron differentiation; • positive regulation of cell population proliferation; • positive regulation of apoptotic process; • ventricular cardiac muscle cell differentiation; • transcription initiation from RNA polymerase II promoter; • bone development; • embryonic digestive tract development; • striatum development; • GO:0072468 сигнальна трансдукція; • negative regulation of cell population proliferation; • glandular epithelial cell development; • steroid hormone mediated signaling pathway; • embryonic hindlimb morphogenesis; • liver development; • multicellular organism development; • hormone-mediated signaling pathway; • диференціація клітин; • response to retinoic acid; • response to lipid; • gland development; • bone morphogenesis; • epithelium development; • cellular response to retinoic acid;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ; ; ;
	Більше даних
Ортологи
	5915
	218772
	ENSG00000077092
	ENSMUSG00000017491
	P10826; Q5QHG3
	P22605
NM_000965; NM_001290216; NM_001290217; NM_001290266; NM_001290276;
	NM_001290277; NM_001290300; NM_016152
	NM_001289760; NM_001289761; NM_001289762; NM_011243
NP_000956; NP_001277145; NP_001277146; NP_001277195; NP_001277205;
	NP_001277206; NP_001277229; NP_057236; NP_001277146.1; NP_001277205.1; NP_057236.1
	NP_001276689; NP_001276690; NP_001276691; NP_035373
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

RARB (англ. Retinoic acid receptor beta) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. ^[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 455 амінокислот, а молекулярна маса — 50 489^[6].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MTTSGHACPV	PAVNGHMTHY	PATPYPLLFP	PVIGGLSLPP	LHGLHGHPPP
SGCSTPSPAT	IETQSTSSEE	LVPSPPSPLP	PPRVYKPCFV	CQDKSSGYHY
GVSACEGCKG	FFRRSIQKNM	IYTCHRDKNC	VINKVTRNRC	QYCRLQKCFE
VGMSKESVRN	DRNKKKKETS	KQECTESYEM	TAELDDLTEK	IRKAHQETFP
SLCQLGKYTT	NSSADHRVRL	DLGLWDKFSE	LATKCIIKIV	EFAKRLPGFT
GLTIADQITL	LKAACLDILI	LRICTRYTPE	QDTMTFSDGL	TLNRTQMHNA
GFGPLTDLVF	TFANQLLPLE	MDDTETGLLS	AICLICGDRQ	DLEEPTKVDK
LQEPLLEALK	IYIRKRRPSK	PHMFPKILMK	ITDLRSISAK	GAERVITLKM
EIPGSMPPLI	QEMLENSEGH	EPLTPSSSGN	TAEHSPSISP	SSVENSGVSQ
SPLVQ

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до рецепторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, ДНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Benbrook D., Lernherdt E., Pfahl M. (1988). A new retinoic acid receptor identified from a hepatocellular carcinoma. Nature. 333: 669—672. PMID 2836738 doi:10.1038/333669a0
de The H., Marchio A., Tiollais P., Dejean A. (1987). A novel steroid thyroid hormone receptor-related gene inappropriately expressed in human hepatocellular carcinoma. Nature. 330: 667—670. PMID 2825037 doi:10.1038/330667a0
Sommer K.M., Chen L.I., Treuting P.M., Smith L.T., Swisshelm K. (1999). Elevated retinoic acid receptor beta(4) protein in human breast tumor cells with nuclear and cytoplasmic localization. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96: 8651—8656. PMID 10411930 doi:10.1073/pnas.96.15.8651
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Shen S., Kruyt F.A., den Hertog J., van der Saag P.T., Kruijer W. (1991). Mouse and human retinoic acid receptor beta 2 promoters: sequence comparison and localization of retinoic acid responsiveness. DNA Seq. 2: 111—119. PMID 1663808 doi:10.3109/10425179109039679
Dejean A., Bougueleret L., Grzeschik K.-H., Tiollais P. (1986). Hepatitis B virus DNA integration in a sequence homologous to v-erb-A and steroid receptor genes in a hepatocellular carcinoma. Nature. 322: 70—72. PMID 3014347 doi:10.1038/322070a0

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з RARB переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з Retinoic acid receptor beta переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9865 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, P10826 (англ.) . Архів оригіналу за 22 серпня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 3

[1] Захворювання, генетично пов'язані з RARB переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Сполуки, які фізично взаємодіють з Retinoic acid receptor beta переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[3] Human PubMed Reference:.

[4] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-5] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:9865 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)

[UniProt-6] UniProt, P10826 (англ.) . Архів оригіналу за 22 серпня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]