| SOX17
|
|---|
 |
|
|
| Ідентифікатори
|
|---|
| Символи
| SOX17, VUR3, SRY-box 17, SRY-box transcription factor 17 |
|---|
| Зовнішні ІД |
OMIM: 610928 MGI: 107543 HomoloGene: 7948 GeneCards: SOX17
|
|---|
| Онтологія гена |
|---|
| Молекулярна функція |
• sequence-specific DNA binding • DNA binding • beta-catenin binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001105 transcription coactivator activity • transcription factor binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein heterodimerization activity • transcription factor activity, RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
|
|---|
| Клітинна компонента |
• transcription regulator complex • нуклеоплазма • клітинне ядро
|
|---|
| Біологічний процес |
• renal system development • endoderm development • regulation of embryonic development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • GO:1903364 positive regulation of protein catabolic process • stem cell fate specification • positive regulation of skeletal muscle tissue development • embryonic foregut morphogenesis • embryonic organ development • endodermal digestive tract morphogenesis • negative regulation of mesodermal cell fate specification • inner cell mass cellular morphogenesis • negative regulation of Wnt signaling pathway • protein stabilization • endocardium formation • outflow tract morphogenesis • signal transduction involved in regulation of gene expression • endodermal cell fate determination • mRNA transcription by RNA polymerase II • regulation of mesodermal cell fate specification • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • Wnt • endocardial cell differentiation • regulation of cardiac cell fate specification • transcription, DNA-templated • stem cell differentiation • embryonic heart tube development • васкулогенез • GO:0060469, GO:0009371 позитивна регуляція транскрипції, ДНК-шаблонна • heart looping • cardiac cell fate determination • common bile duct development • negative regulation of Wnt signaling pathway involved in heart development • rostrocaudal neural tube patterning • GO:1901313 positive regulation of gene expression • cardiogenic plate morphogenesis • heart formation • embryonic heart tube morphogenesis • negative regulation of cell growth • protein destabilization • Ангіогенез • Сперматогенез • positive regulation of cell differentiation • regulation of stem cell division • гаструляція • gall bladder development • canonical Wnt signaling pathway • регуляція диференціювання клітин • cell migration involved in gastrulation • endoderm formation • regulation of stem cell proliferation • negative regulation of canonical Wnt signaling pathway • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • cellular response to leukemia inhibitory factor • диференціація клітин
|
|---|
| Джерела:Amigo / QuickGO | |
| Ортологи |
|---|
| Види |
Людина |
Миша |
|---|
| Entrez | |
|
|---|
| Ensembl |
|
|
|---|
| UniProt |
|
|
|---|
| RefSeq (мРНК) |
| |
|---|
| RefSeq (білок) |
| |
|---|
| Локус (UCSC) |
Хр. 8: 54.46 – 54.46 Mb
| Хр. 1: 4.56 – 4.57 Mb
|
|---|
| PubMed search |
[1]
| [2] |
|---|
| Вікідані |
|
SOX17 (англ. SRY-box 17) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 8-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 414 амінокислот, а молекулярна маса — 44 117[4].
Послідовність амінокислот
| 10
|
|
20
|
|
30
|
|
40
|
|
50
|
| MSSPDAGYAS
|
|
DDQSQTQSAL
|
|
PAVMAGLGPC
|
|
PWAESLSPIG
|
|
DMKVKGEAPA
|
| NSGAPAGAAG
|
|
RAKGESRIRR
|
|
PMNAFMVWAK
|
|
DERKRLAQQN
|
|
PDLHNAELSK
|
| MLGKSWKALT
|
|
LAEKRPFVEE
|
|
AERLRVQHMQ
|
|
DHPNYKYRPR
|
|
RRKQVKRLKR
|
| VEGGFLHGLA
|
|
EPQAAALGPE
|
|
GGRVAMDGLG
|
|
LQFPEQGFPA
|
|
GPPLLPPHMG
|
| GHYRDCQSLG
|
|
APPLDGYPLP
|
|
TPDTSPLDGV
|
|
DPDPAFFAAP
|
|
MPGDCPAAGT
|
| YSYAQVSDYA
|
|
GPPEPPAGPM
|
|
HPRLGPEPAG
|
|
PSIPGLLAPP
|
|
SALHVYYGAM
|
| GSPGAGGGRG
|
|
FQMQPQHQHQ
|
|
HQHQHHPPGP
|
|
GQPSPPPEAL
|
|
PCRDGTDPSQ
|
| PAELLGEVDR
|
|
TEFEQYLHFV
|
|
CKPEMGLPYQ
|
|
GHDSGVNLPD
|
|
SHGAISSVVS
|
| DASSAVYYCN
|
|
YPDV
|
Кодований геном білок за функцією належить до активаторів.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, сигнальний шлях Wnt.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі.
Література
- Katoh M. (2002). Molecular cloning and characterization of human SOX17. Int. J. Mol. Med. 9: 153—157. PMID 11786926
Примітки
Див. також
|
|---|
(1) Основні домени |
|---|
| (1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
|---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
|---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
|---|
| (1.4) NF-1 | |
|---|
| (1.5) RF-X | |
|---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
|---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
|---|
| (2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | | підродина 1 | |
|---|
| підродина 2 | |
|---|
| підродина 3 | |
|---|
| підродина 4 | |
|---|
| підродина 5 | |
|---|
| підродина 6 | |
|---|
| підродина 0 | |
|---|
|
|---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
|---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
|---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
|---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
|---|
| (2.6) WRKY | |
|---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
|---|
| (3.1) Гомеобокс | |
|---|
| (3.2) Парний бокс | |
|---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
|---|
| (3.4) Фактори теплового шоку | |
|---|
| (3.5) Триптофановий кластер | |
|---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
|---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
|---|
| (4.1) RHR | |
|---|
| (4.2) STAT | |
|---|
| (4.3) p53 | |
|---|
| (4.4) MADS | |
|---|
| (4.6) TATA | |
|---|
| (4.7) Високомобільна група | |
|---|
| (4.9) Grainyhead | |
|---|
| (4.10) Домен холодового шоку | |
|---|
| (4.11) Runt | |
|---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
|---|
| (0.2) HMGI(Y) | |
|---|
| (0.3) Pocket домен | |
|---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні | |
|---|
| (0.6) Інші | |
|---|
|
|