| HMGB2
|
|---|
 |
| Ідентифікатори
|
|---|
| Символи
| HMGB2, HMG2, high mobility group box 2 |
|---|
| Зовнішні ІД |
OMIM: 163906 MGI: 96157 HomoloGene: 37582 GeneCards: HMGB2
|
|---|
| Онтологія гена |
|---|
| Молекулярна функція |
• DNA binding • protein domain specific binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • transcription factor binding • non-sequence-specific DNA binding, bending • single-stranded DNA binding • damaged DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • four-way junction DNA binding • GO:0001158 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • RAGE receptor binding • chemoattractant activity • зв’язування дволанцюгових ДНК • DNA binding, bending • supercoiled DNA binding • RNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity
|
|---|
| Клітинна компонента |
• цитоплазма • нуклеоплазма • хромосома • extracellular region • ядерце • perinuclear region of cytoplasm • condensed chromosome • клітинне ядро • міжклітинний простір • GO:0009327 protein-containing complex
|
|---|
| Біологічний процес |
• DNA geometric change • positive regulation of interferon-beta production • nucleosome assembly • DNA recombination • apoptotic DNA fragmentation • male gonad development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of endothelial cell proliferation • positive regulation of erythrocyte differentiation • inflammatory response to antigenic stimulus • процес імунної системи • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • response to steroid hormone • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • negative regulation of gene expression • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 позитивна регуляція транскрипції, ДНК-шаблонна • хемотаксис • response to lipopolysaccharide • GO:1901313 positive regulation of gene expression • positive regulation of nuclease activity • GO:0051636 defense response to Gram-negative bacterium • negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors • V(D)J-рекомбінація • Сперматогенез • positive regulation of innate immune response • cell chemotaxis • DNA ligation involved in DNA repair • spermatid nucleus differentiation • positive regulation of DNA binding • вроджений імунітет • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • cellular response to lipopolysaccharide • inflammatory response • positive regulation of megakaryocyte differentiation • regulation of neurogenesis • regulation of stem cell proliferation • DNA topological change • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • GO:0051637 defense response to Gram-positive bacterium • positive chemotaxis • ремоделювання хроматину
|
|---|
| Джерела:Amigo / QuickGO | |
| Шаблон експресії |
|---|
 |
| Більше даних
|
| Ортологи |
|---|
| Види |
Людина |
Миша |
|---|
| Entrez | |
|
|---|
| Ensembl |
|
|
|---|
| UniProt |
|
|
|---|
| RefSeq (мРНК) |
| |
|---|
| RefSeq (білок) |
| |
|---|
| Локус (UCSC) |
Хр. 4: 173.33 – 173.33 Mb
| Хр. 8: 57.96 – 57.97 Mb
|
|---|
| PubMed search |
[1]
| [2] |
|---|
| Вікідані |
|
HMGB2 (англ. High mobility group box 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 209 амінокислот, а молекулярна маса — 24 034[4].
Послідовність амінокислот
| 10
|
|
20
|
|
30
|
|
40
|
|
50
|
| MGKGDPNKPR
|
|
GKMSSYAFFV
|
|
QTCREEHKKK
|
|
HPDSSVNFAE
|
|
FSKKCSERWK
|
| TMSAKEKSKF
|
|
EDMAKSDKAR
|
|
YDREMKNYVP
|
|
PKGDKKGKKK
|
|
DPNAPKRPPS
|
| AFFLFCSEHR
|
|
PKIKSEHPGL
|
|
SIGDTAKKLG
|
|
EMWSEQSAKD
|
|
KQPYEQKAAK
|
| LKEKYEKDIA
|
|
AYRAKGKSEA
|
|
GKKGPGRPTG
|
|
SKKKNEPEDE
|
|
EEEEEEEDED
|
| EEEEDEDEE
|
Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів.
Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет, вроджений імунітет, транскрипція, регуляція транскрипції, запальна відповідь, хемотаксис, рекомбінація ДНК, ацетиляція.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у цитоплазмі, ядрі, хромосомах.
Також секретований назовні.
Література
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
- Alexandre S., Li W.W., Lee A.S. (1992). A human HMG2 cDNA with a novel 3'-untranslated region. Nucleic Acids Res. 20: 6413—6413. PMID 1475204 doi:10.1093/nar/20.23.6413
- Shykind B.M., Kim J., Sharp P.A. (1995). Activation of the TFIID-TFIIA complex with HMG-2. Genes Dev. 9: 1354—1365. PMID 7797075 doi:10.1101/gad.9.11.1354
- Fan Z., Beresford P.J., Zhang D., Lieberman J. (2002). HMG2 interacts with the nucleosome assembly protein SET and is a target of the cytotoxic T-lymphocyte protease granzyme A. Mol. Cell. Biol. 22: 2810—2820. PMID 11909973 doi:10.1128/MCB.22.8.2810-2820.2002
- Zimmerman J., Maher L.J. III (2008). Transient HMGB protein interactions with B-DNA duplexes and complexes. Biochem. Biophys. Res. Commun. 371: 79—84. PMID 18413230 doi:10.1016/j.bbrc.2008.04.024
- Pusterla T., de Marchis F., Palumbo R., Bianchi M.E. (2009). High mobility group B2 is secreted by myeloid cells and has mitogenic and chemoattractant activities similar to high mobility group B1. Autoimmunity. 42: 308—310. PMID 19811285 doi:10.1080/08916930902831845
Примітки
Див. також
|
|---|
(1) Основні домени |
|---|
| (1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
|---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
|---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
|---|
| (1.4) NF-1 | |
|---|
| (1.5) RF-X | |
|---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
|---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
|---|
| (2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | | підродина 1 | |
|---|
| підродина 2 | |
|---|
| підродина 3 | |
|---|
| підродина 4 | |
|---|
| підродина 5 | |
|---|
| підродина 6 | |
|---|
| підродина 0 | |
|---|
|
|---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
|---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
|---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
|---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
|---|
| (2.6) WRKY | |
|---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
|---|
| (3.1) Гомеобокс | |
|---|
| (3.2) Парний бокс | |
|---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
|---|
| (3.4) Фактори теплового шоку | |
|---|
| (3.5) Триптофановий кластер | |
|---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
|---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
|---|
| (4.1) RHR | |
|---|
| (4.2) STAT | |
|---|
| (4.3) p53 | |
|---|
| (4.4) MADS | |
|---|
| (4.6) TATA | |
|---|
| (4.7) Високомобільна група | |
|---|
| (4.9) Grainyhead | |
|---|
| (4.10) Домен холодового шоку | |
|---|
| (4.11) Runt | |
|---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
|---|
| (0.2) HMGI(Y) | |
|---|
| (0.3) Pocket домен | |
|---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні | |
|---|
| (0.6) Інші | |
|---|
|
|