| PAX6
|
|---|
 |
|
|
| Ідентифікатори
|
|---|
| Символи
| PAX6, AN, AN2, D11S812E, FVH1, MGDA, WAGR, paired box 6, ASGD5 |
|---|
| Зовнішні ІД |
OMIM: 607108 MGI: 97490 HomoloGene: 1212 GeneCards: PAX6
|
|---|
|
|
| Пов'язані генетичні захворювання |
|---|
| morning glory disc anomaly, aniridia type 2, foveal hypoplasia-presenile cataract syndrome[1] |
| Онтологія гена |
|---|
| Молекулярна функція |
• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • DNA binding • sequence-specific DNA binding • GO:0050372 ubiquitin-protein transferase activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • chromatin binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • transcription factor binding • protein kinase binding • ubiquitin protein ligase binding • histone acetyltransferase binding • co-SMAD binding • R-SMAD binding • HMG box domain binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
|
|---|
| Клітинна компонента |
• цитоплазма • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • внутрішньоклітинний
|
|---|
| Біологічний процес |
• розвиток ока • blood vessel development • animal organ morphogenesis • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • glucose homeostasis • transcription, DNA-templated • central nervous system development • response to wounding • диференціація клітин • cornea development in camera-type eye • negative regulation of neurogenesis • зріння (видіннє) • iris morphogenesis • multicellular organism development • neuron fate commitment • Убіквітин-залежний протеоліз • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • establishment of mitotic spindle orientation • Детермінація • neuron migration • GO:0033128 negative regulation of protein phosphorylation • positive regulation of neuroblast proliferation • lens development in camera-type eye • регіоналізація • type B pancreatic cell differentiation • pancreatic A cell development • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription by RNA polymerase II • smoothened signaling pathway • аксоноґенеза • axon guidance • brain development • salivary gland morphogenesis • negative regulation of cell population proliferation • regulation of asymmetric cell division • dorsal/ventral axis specification • anterior/posterior pattern specification • dorsal/ventral pattern formation • регуляція експресії генів • GO:1901313 positive regulation of gene expression • pallium development • oligodendrocyte cell fate specification • cerebral cortex regionalization • forebrain dorsal/ventral pattern formation • commitment of neuronal cell to specific neuron type in forebrain • forebrain-midbrain boundary formation • telencephalon regionalization • pituitary gland development • habenula development • signal transduction involved in regulation of gene expression • keratinocyte differentiation • regulation of cell migration • positive regulation of epithelial cell differentiation • forebrain development • lacrimal gland development • protein localization to organelle • eye photoreceptor cell development • camera-type eye development • cell fate commitment • negative regulation of neuron differentiation • GO:0060469, GO:0009371 позитивна регуляція транскрипції, ДНК-шаблонна • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • regulation of timing of cell differentiation • embryonic camera-type eye morphogenesis • astrocyte differentiation • negative regulation of epithelial cell proliferation • regulation of neurogenesis • retina development in camera-type eye • cellular response to leukemia inhibitory factor • negative regulation of neural precursor cell proliferation • positive regulation of core promoter binding
|
|---|
| Джерела:Amigo / QuickGO | |
| Шаблон експресії |
|---|
 |
| Більше даних
|
| Ортологи |
|---|
| Види |
Людина |
Миша |
|---|
| Entrez | |
|
|---|
| Ensembl |
|
|
|---|
| UniProt |
|
|
|---|
| RefSeq (мРНК) |
| |
|---|
| RefSeq (білок) |
| |
|---|
| Локус (UCSC) |
Хр. 11: 31.78 – 31.82 Mb
| Хр. 2: 105.5 – 105.53 Mb
|
|---|
| PubMed search |
[2]
| [3] |
|---|
| Вікідані |
|
PAX6 (англ. Paired box 6) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми.[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 422 амінокислот, а молекулярна маса — 46 683[5].
Послідовність амінокислот
| 10
|
|
20
|
|
30
|
|
40
|
|
50
|
| MQNSHSGVNQ
|
|
LGGVFVNGRP
|
|
LPDSTRQKIV
|
|
ELAHSGARPC
|
|
DISRILQVSN
|
| GCVSKILGRY
|
|
YETGSIRPRA
|
|
IGGSKPRVAT
|
|
PEVVSKIAQY
|
|
KRECPSIFAW
|
| EIRDRLLSEG
|
|
VCTNDNIPSV
|
|
SSINRVLRNL
|
|
ASEKQQMGAD
|
|
GMYDKLRMLN
|
| GQTGSWGTRP
|
|
GWYPGTSVPG
|
|
QPTQDGCQQQ
|
|
EGGGENTNSI
|
|
SSNGEDSDEA
|
| QMRLQLKRKL
|
|
QRNRTSFTQE
|
|
QIEALEKEFE
|
|
RTHYPDVFAR
|
|
ERLAAKIDLP
|
| EARIQVWFSN
|
|
RRAKWRREEK
|
|
LRNQRRQASN
|
|
TPSHIPISSS
|
|
FSTSVYQPIP
|
| QPTTPVSSFT
|
|
SGSMLGRTDT
|
|
ALTNTYSALP
|
|
PMPSFTMANN
|
|
LPMQPPVPSQ
|
| TSSYSCMLPT
|
|
SPSVNGRSYD
|
|
TYTPPHMQTH
|
|
MNSQPMGTSG
|
|
TTSTGLISPG
|
| VSVPVQVPGS
|
|
EPDMSQYWPR
|
|
LQ
|
Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, білків розвитку.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, диференціація клітин, альтернативний сплайсинг.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі.
Література
- Glaser T., Walton D.S., Maas R.L. (1992). Genomic structure, evolutionary conservation and aniridia mutations in the human PAX6 gene. Nat. Genet. 2: 232—239. PMID 1345175 doi:10.1038/ng1192-232
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
- Larsen K.B., Lutterodt M., Rath M.F., Moeller M. (2009). Expression of the homeobox genes PAX6, OTX2, and OTX1 in the early human fetal retina. Int. J. Dev. Neurosci. 27: 485—492. PMID 19414065 doi:10.1016/j.ijdevneu.2009.04.004
- Prosser J., van Heyningen V. (1998). PAX6 mutations reviewed. Hum. Mutat. 11: 93—108. PMID 9482572 doi:10.1002/(SICI)1098-1004(1998)11:2<93::AID-HUMU1>3.0.CO;2-M
- Azuma N., Nishina S., Yanagisawa H., Okuyama T., Yamada M. (1996). PAX6 missense mutation in isolated foveal hypoplasia. Nat. Genet. 13: 141—142. PMID 8640214 doi:10.1038/ng0696-141
- Tang H.K., Chao L.-Y., Saunders G.F. (1997). Functional analysis of paired box missense mutations in the PAX6 gene. Hum. Mol. Genet. 6: 381—386. PMID 9147640 doi:10.1093/hmg/6.3.381
Примітки
Див. також
|
|---|
(1) Основні домени |
|---|
| (1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
|---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
|---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
|---|
| (1.4) NF-1 | |
|---|
| (1.5) RF-X | |
|---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
|---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
|---|
| (2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | | підродина 1 | |
|---|
| підродина 2 | |
|---|
| підродина 3 | |
|---|
| підродина 4 | |
|---|
| підродина 5 | |
|---|
| підродина 6 | |
|---|
| підродина 0 | |
|---|
|
|---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
|---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
|---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
|---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
|---|
| (2.6) WRKY | |
|---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
|---|
| (3.1) Гомеобокс | |
|---|
| (3.2) Парний бокс | |
|---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
|---|
| (3.4) Фактори теплового шоку | |
|---|
| (3.5) Триптофановий кластер | |
|---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
|---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
|---|
| (4.1) RHR | |
|---|
| (4.2) STAT | |
|---|
| (4.3) p53 | |
|---|
| (4.4) MADS | |
|---|
| (4.6) TATA | |
|---|
| (4.7) Високомобільна група | |
|---|
| (4.9) Grainyhead | |
|---|
| (4.10) Домен холодового шоку | |
|---|
| (4.11) Runt | |
|---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
|---|
| (0.2) HMGI(Y) | |
|---|
| (0.3) Pocket домен | |
|---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні | |
|---|
| (0.6) Інші | |
|---|
|
|