| SOX13
|
|---|
 |
| Ідентифікатори
|
|---|
| Символи
| SOX13, ICA12, Sox-13, SRY-box 13, SRY-box transcription factor 13 |
|---|
| Зовнішні ІД |
OMIM: 604748 MGI: 98361 HomoloGene: 4159 GeneCards: SOX13
|
|---|
| Онтологія гена |
|---|
| Молекулярна функція |
• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • sequence-specific DNA binding • DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
|
|---|
| Клітинна компонента |
• клітинне ядро • нуклеоплазма
|
|---|
| Біологічний процес |
• anatomical structure morphogenesis • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • regulation of gamma-delta T cell differentiation • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • cell fate commitment • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
|
|---|
| Джерела:Amigo / QuickGO | |
| Ортологи |
|---|
| Види |
Людина |
Миша |
|---|
| Entrez | |
|
|---|
| Ensembl |
|
|
|---|
| UniProt |
|
|
|---|
| RefSeq (мРНК) |
| |
|---|
| RefSeq (білок) |
| |
|---|
| Локус (UCSC) |
Хр. 1: 204.07 – 204.13 Mb
| Хр. 1: 133.31 – 133.35 Mb
|
|---|
| PubMed search |
[1]
| [2] |
|---|
| Вікідані |
|
SOX13 (англ. SRY-box 13) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 622 амінокислот, а молекулярна маса — 69 228[4].
Послідовність амінокислот
| 10
|
|
20
|
|
30
|
|
40
|
|
50
|
| MSMRSPISAQ
|
|
LALDGVGTMV
|
|
NCTIKSEEKK
|
|
EPCHEAPQGS
|
|
ATAAEPQPGD
|
| PARASQDSAD
|
|
PQAPAQGNFR
|
|
GSWDCSSPEG
|
|
NGSPEPKRPG
|
|
VSEAASGSQE
|
| KLDFNRNLKE
|
|
VVPAIEKLLS
|
|
SDWKERFLGR
|
|
NSMEAKDVKG
|
|
TQESLAEKEL
|
| QLLVMIHQLS
|
|
TLRDQLLTAH
|
|
SEQKNMAAML
|
|
FEKQQQQMEL
|
|
ARQQQEQIAK
|
| QQQQLIQQQH
|
|
KINLLQQQIQ
|
|
QVNMPYVMIP
|
|
AFPPSHQPLP
|
|
VTPDSQLALP
|
| IQPIPCKPVE
|
|
YPLQLLHSPP
|
|
APVVKRPGAM
|
|
ATHHPLQEPS
|
|
QPLNLTAKPK
|
| APELPNTSSS
|
|
PSLKMSSCVP
|
|
RPPSHGGPTR
|
|
DLQSSPPSLP
|
|
LGFLGEGDAV
|
| TKAIQDARQL
|
|
LHSHSGALDG
|
|
SPNTPFRKDL
|
|
ISLDSSPAKE
|
|
RLEDGCVHPL
|
| EEAMLSCDMD
|
|
GSRHFPESRN
|
|
SSHIKRPMNA
|
|
FMVWAKDERR
|
|
KILQAFPDMH
|
| NSSISKILGS
|
|
RWKSMTNQEK
|
|
QPYYEEQARL
|
|
SRQHLEKYPD
|
|
YKYKPRPKRT
|
| CIVEGKRLRV
|
|
GEYKALMRTR
|
|
RQDARQSYVI
|
|
PPQAGQVQMS
|
|
SSDVLYPRAA
|
| GMPLAQPLVE
|
|
HYVPRSLDPN
|
|
MPVIVNTCSL
|
|
REEGEGTDDR
|
|
HSVADGEMYR
|
| YSEDEDSEGE
|
|
EKSDGELVVL
|
|
TD
|
Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів.
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, поліморфізм.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі.
Література
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Примітки
Див. також
|
|---|
(1) Основні домени |
|---|
| (1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
|---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
|---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
|---|
| (1.4) NF-1 | |
|---|
| (1.5) RF-X | |
|---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
|---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
|---|
| (2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | | підродина 1 | |
|---|
| підродина 2 | |
|---|
| підродина 3 | |
|---|
| підродина 4 | |
|---|
| підродина 5 | |
|---|
| підродина 6 | |
|---|
| підродина 0 | |
|---|
|
|---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
|---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
|---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
|---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
|---|
| (2.6) WRKY | |
|---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
|---|
| (3.1) Гомеобокс | |
|---|
| (3.2) Парний бокс | |
|---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
|---|
| (3.4) Фактори теплового шоку | |
|---|
| (3.5) Триптофановий кластер | |
|---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
|---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
|---|
| (4.1) RHR | |
|---|
| (4.2) STAT | |
|---|
| (4.3) p53 | |
|---|
| (4.4) MADS | |
|---|
| (4.6) TATA | |
|---|
| (4.7) Високомобільна група | |
|---|
| (4.9) Grainyhead | |
|---|
| (4.10) Домен холодового шоку | |
|---|
| (4.11) Runt | |
|---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
|---|
| (0.2) HMGI(Y) | |
|---|
| (0.3) Pocket домен | |
|---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні | |
|---|
| (0.6) Інші | |
|---|
|
|