| YBX3
|
|---|
|
| Ідентифікатори
|
|---|
| Символи
| YBX3, CSDA, CSDA1, DBPA, ZONAB, Y-box binding protein 3 |
|---|
| Зовнішні ІД |
OMIM: 603437 MGI: 2137670 HomoloGene: 2708 GeneCards: YBX3
|
|---|
| Онтологія гена |
|---|
| Молекулярна функція |
• DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001106 transcription corepressor activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • mRNA 3'-UTR binding • single-stranded DNA binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • nucleic acid binding • зв’язування дволанцюгових ДНК • RNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • polysome binding
|
|---|
| Клітинна компонента |
• Полісома • bicellular tight junction • perinuclear region of cytoplasm • клітинне ядро • цитоплазма • гіалоплазма
|
|---|
| Біологічний процес |
• male gonad development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to osmotic stress • negative regulation of necroptotic process • positive regulation of cytoplasmic translation • cellular response to tumor necrosis factor • positive regulation of organ growth • negative regulation of apoptotic process • in utero embryonic development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription, DNA-templated • cellular hyperosmotic response • negative regulation of skeletal muscle tissue development • Сперматогенез • response to cold • запліднення • 3'-UTR-mediated mRNA stabilization
|
|---|
| Джерела:Amigo / QuickGO | |
| Шаблон експресії |
|---|

 |
| Більше даних
|
| Ортологи |
|---|
| Види |
Людина |
Миша |
|---|
| Entrez | |
|
|---|
| Ensembl |
|
|
|---|
| UniProt |
|
|
|---|
| RefSeq (мРНК) |
| |
|---|
| RefSeq (білок) |
| |
|---|
| Локус (UCSC) |
Хр. 12: 10.7 – 10.72 Mb
| Хр. 6: 131.34 – 131.37 Mb
|
|---|
| PubMed search |
[1]
| [2] |
|---|
| Вікідані |
|
YBX3 (англ. Y-box binding protein 3) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 372 амінокислот, а молекулярна маса — 40 090[4].
Послідовність амінокислот
| 10
|
|
20
|
|
30
|
|
40
|
|
50
|
| MSEAGEATTT
|
|
TTTTLPQAPT
|
|
EAAAAAPQDP
|
|
APKSPVGSGA
|
|
PQAAAPAPAA
|
| HVAGNPGGDA
|
|
APAATGTAAA
|
|
ASLATAAGSE
|
|
DAEKKVLATK
|
|
VLGTVKWFNV
|
| RNGYGFINRN
|
|
DTKEDVFVHQ
|
|
TAIKKNNPRK
|
|
YLRSVGDGET
|
|
VEFDVVEGEK
|
| GAEAANVTGP
|
|
DGVPVEGSRY
|
|
AADRRRYRRG
|
|
YYGRRRGPPR
|
|
NYAGEEEEEG
|
| SGSSEGFDPP
|
|
ATDRQFSGAR
|
|
NQLRRPQYRP
|
|
QYRQRRFPPY
|
|
HVGQTFDRRS
|
| RVLPHPNRIQ
|
|
AGEIGEMKDG
|
|
VPEGAQLQGP
|
|
VHRNPTYRPR
|
|
YRSRGPPRPR
|
| PAPAVGEAED
|
|
KENQQATSGP
|
|
NQPSVRRGYR
|
|
RPYNYRRRPR
|
|
PPNAPSQDGK
|
| EAKAGEAPTE
|
|
NPAPPTQQSS
|
|
AE
|
Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, фосфопротеїнів.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, ацетилювання, альтернативний сплайсинг.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у цитоплазмі, ядрі.
Література
- Sakura H., Maekawa T., Imamoto F., Yasuda K., Ishii S. (1988). Two human genes isolated by a novel method encode DNA-binding proteins containing a common region of homology. Gene. 73: 499—507. PMID 2977358 doi:10.1016/0378-1119(88)90514-8
- Kudo S., Mattei M.-G., Fukuda M. (1995). Characterization of the gene for dbpA, a family member of the nucleic-acid-binding proteins containing a cold-shock domain. Eur. J. Biochem. 231: 72—82. PMID 7628487 doi:10.1111/j.1432-1033.1995.tb20672.x
- Coles L.S., Diamond P., Occhiodoro F., Vadas M.A., Shannon M.F. (1996). Cold shock domain proteins repress transcription from the GM-CSF promoter. Nucleic Acids Res. 24: 2311—2317. PMID 8710501 doi:10.1093/nar/24.12.2311
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Примітки
Див. також
|
|---|
(1) Основні домени |
|---|
| (1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
|---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
|---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
|---|
| (1.4) NF-1 | |
|---|
| (1.5) RF-X | |
|---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
|---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
|---|
| (2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | | підродина 1 | |
|---|
| підродина 2 | |
|---|
| підродина 3 | |
|---|
| підродина 4 | |
|---|
| підродина 5 | |
|---|
| підродина 6 | |
|---|
| підродина 0 | |
|---|
|
|---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
|---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
|---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
|---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
|---|
| (2.6) WRKY | |
|---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
|---|
| (3.1) Гомеобокс | |
|---|
| (3.2) Парний бокс | |
|---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
|---|
| (3.4) Фактори теплового шоку | |
|---|
| (3.5) Триптофановий кластер | |
|---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
|---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
|---|
| (4.1) RHR | |
|---|
| (4.2) STAT | |
|---|
| (4.3) p53 | |
|---|
| (4.4) MADS | |
|---|
| (4.6) TATA | |
|---|
| (4.7) Високомобільна група | |
|---|
| (4.9) Grainyhead | |
|---|
| (4.10) Домен холодового шоку | |
|---|
| (4.11) Runt | |
|---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
|---|
| (0.2) HMGI(Y) | |
|---|
| (0.3) Pocket домен | |
|---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні | |
|---|
| (0.6) Інші | |
|---|
|
|