KDM5B

KDM5B
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	2MA5, 2MNY, 2MNZ, 5A1F, 5A3N, 5A3P, 5A3T, 5A3W, 5FPL, 5FPU, 5FV3, 5FZ6, 5FUP, 5FUN, 5FZK, 5FYZ, 5FZ7, 5FZ9, 5FYU, 5FZB, 5FZC, 5FYT, 5FZ0, 5FYY, 5FZ1, 5FZ3, 5FZL, 5FZA, 5FZ4
Ідентифікатори
Символи	KDM5B, CT31, JARID1B, PLU-1, PLU1, PPP1R98, PUT1, RBBP2H1A, RBP2-H1, lysine demethylase 5B, MRT65
Зовнішні ІД	OMIM: 605393 MGI: 1922855 HomoloGene: 48448 GeneCards: KDM5B
Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding; • GO:0001106 transcription corepressor activity; • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity; • dioxygenase activity; • зв’язування з іоном металу; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • oxidoreductase activity; • histone demethylase activity; • histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity; • sequence-specific double-stranded DNA binding; • histone H3-methyl-lysine-4 demethylase activity; • GO:0031493 histone binding; • zinc ion binding; • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific; • chromatin binding; • methylated histone binding;
Клітинна компонента	• нуклеоплазма; • клітинне ядро; • гіалоплазма; • histone methyltransferase complex;
Біологічний процес	• response to fungicide; • positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • branching involved in mammary gland duct morphogenesis; • uterus morphogenesis; • ритмічний процес; • regulation of estradiol secretion; • Післязародковий розвиток; • cellular response to fibroblast growth factor stimulus; • transcription, DNA-templated; • single fertilization; • mammary duct terminal end bud growth; • GO:1901313 positive regulation of gene expression; • lens fiber cell differentiation; • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated; • histone H3-K4 demethylation, trimethyl-H3-K4-specific; • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II; • histone H3-K4 demethylation; • cellular response to leukemia inhibitory factor; • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization; • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II; • ремоделювання хроматину;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ; ; ;
	Більше даних
Ортологи
	10765
	75605
	ENSG00000117139
	ENSMUSG00000042207
	Q9UGL1
	Q80Y84
	NM_001314042; NM_006618; NM_001347591; NM_001399817
	NM_152895
	NP_001300971; NP_001334520; NP_006609
	NP_690855
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

KDM5B (англ. Lysine demethylase 5B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 544 амінокислот, а молекулярна маса — 175 658^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEAATTLHPG	PRPALPLGGP	GPLGEFLPPP	ECPVFEPSWE	EFADPFAFIH
KIRPIAEQTG	ICKVRPPPDW	QPPFACDVDK	LHFTPRIQRL	NELEAQTRVK
LNFLDQIAKY	WELQGSTLKI	PHVERKILDL	FQLNKLVAEE	GGFAVVCKDR
KWTKIATKMG	FAPGKAVGSH	IRGHYERILN	PYNLFLSGDS	LRCLQKPNLT
TDTKDKEYKP	HDIPQRQSVQ	PSETCPPARR	AKRMRAEAMN	IKIEPEETTE
ARTHNLRRRM	GCPTPKCENE	KEMKSSIKQE	PIERKDYIVE	NEKEKPKSRS
KKATNAVDLY	VCLLCGSGND	EDRLLLCDGC	DDSYHTFCLI	PPLHDVPKGD
WRCPKCLAQE	CSKPQEAFGF	EQAARDYTLR	TFGEMADAFK	SDYFNMPVHM
VPTELVEKEF	WRLVSTIEED	VTVEYGADIA	SKEFGSGFPV	RDGKIKLSPE
EEEYLDSGWN	LNNMPVMEQS	VLAHITADIC	GMKLPWLYVG	MCFSSFCWHI
EDHWSYSINY	LHWGEPKTWY	GVPGYAAEQL	ENVMKKLAPE	LFVSQPDLLH
QLVTIMNPNT	LMTHEVPVYR	TNQCAGEFVI	TFPRAYHSGF	NQGFNFAEAV
NFCTVDWLPL	GRQCVEHYRL	LHRYCVFSHD	EMICKMASKA	DVLDVVVAST
VQKDMAIMIE	DEKALRETVR	KLGVIDSERM	DFELLPDDER	QCVKCKTTCF
MSAISCSCKP	GLLVCLHHVK	ELCSCPPYKY	KLRYRYTLDD	LYPMMNALKL
RAESYNEWAL	NVNEALEAKI	NKKKSLVSFK	ALIEESEMKK	FPDNDLLRHL
RLVTQDAEKC	ASVAQQLLNG	KRQTRYRSGG	GKSQNQLTVN	ELRQFVTQLY
ALPCVLSQTP	LLKDLLNRVE	DFQQHSQKLL	SEETPSAAEL	QDLLDVSFEF
DVELPQLAEM	RIRLEQARWL	EEVQQACLDP	SSLTLDDMRR	LIDLGVGLAP
YSAVEKAMAR	LQELLTVSEH	WDDKAKSLLK	ARPRHSLNSL	ATAVKEIEEI
PAYLPNGAAL	KDSVQRARDW	LQDVEGLQAG	GRVPVLDTLI	ELVTRGRSIP
VHLNSLPRLE	TLVAEVQAWK	ECAVNTFLTE	NSPYSLLEVL	CPRCDIGLLG
LKRKQRKLKE	PLPNGKKKST	KLESLSDLER	ALTESKETAS	AMATLGEARL
REMEALQSLR	LANEGKLLSP	LQDVDIKICL	CQKAPAAPMI	QCELCRDAFH
TSCVAVPSIS	QGLRIWLCPH	CRRSEKPPLE	KILPLLASLQ	RIRVRLPEGD
ALRYMIERTV	NWQHRAQQLL	SSGNLKFVQD	RVGSGLLYSR	WQASAGQVSD
TNKVSQPPGT	TSFSLPDDWD	NRTSYLHSPF	STGRSCIPLH	GVSPEVNELL
MEAQLLQVSL	PEIQELYQTL	LAKPSPAQQT	DRSSPVRPSS	EKNDCCRGKR
DGINSLERKL	KRRLEREGLS	SERWERVKKM	RTPKKKKIKL	SHPKDMNNFK
LERERSYELV	RSAETHSLPS	DTSYSEQEDS	EDEDAICPAV	SCLQPEGDEV
DWVQCDGSCN	QWFHQVCVGV	SPEMAEKEDY	ICVRCTVKDA	PSRK

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, репресорів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

Secombe J., Li L., Carlos L., Eisenman R.N. (2007). The Trithorax group protein Lid is a trimethyl histone H3K4 demethylase required for dMyc-induced cell growth. Genes Dev. 21: 537—551. PMID 17311883 doi:10.1101/gad.1523007

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:18039 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2015. Процитовано 28 серпня 2017. [Архівовано 2015-09-24 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, Q9UGL1 (англ.) . Архів оригіналу за 7 серпня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 1

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:18039 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2015. Процитовано 28 серпня 2017. [Архівовано 2015-09-24 у Wayback Machine.]

[UniProt-4] UniProt, Q9UGL1 (англ.) . Архів оригіналу за 7 серпня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]