| CLOCK
|
|---|
 |
|
|
| Ідентифікатори
|
|---|
| Символи
| CLOCK, KAT13D, bHLHe8, clock circadian regulator |
|---|
| Зовнішні ІД |
OMIM: 601851 MGI: 99698 HomoloGene: 3603 GeneCards: CLOCK
|
|---|
| Онтологія гена |
|---|
| Молекулярна функція |
• transferase activity • DNA binding • sequence-specific DNA binding • protein dimerization activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • histone acetyltransferase activity • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • transcription factor activity, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific binding • E-box binding • core promoter sequence-specific DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • chromatin DNA binding • acyltransferase activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
|
|---|
| Клітинна компонента |
• цитоплазма • chromatoid body • внутрішньоклітинна мембранна органела • transcription regulator complex • хромосома • нуклеоплазма • клітинне ядро • гіалоплазма
|
|---|
| Біологічний процес |
• negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway • positive regulation of inflammatory response • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • Фотоперіодизм • regulation of insulin secretion • ритмічний процес • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • DNA damage checkpoint signaling • regulation of type B pancreatic cell development • transcription by RNA polymerase II • circadian regulation of gene expression • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 позитивна регуляція транскрипції, ДНК-шаблонна • response to redox state • cellular response to DNA damage stimulus • positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity • циркадний ритм • Сперматогенез • regulation of hair cycle • cellular response to ionizing radiation • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • GO:0072468 сигнальна трансдукція • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process • histone acetylation • protein acetylation • regulation of circadian rhythm
|
|---|
| Джерела:Amigo / QuickGO | |
| Шаблон експресії |
|---|
 |
| Більше даних
|
| Ортологи |
|---|
| Види |
Людина |
Миша |
|---|
| Entrez | |
|
|---|
| Ensembl |
|
|
|---|
| UniProt |
|
|
|---|
| RefSeq (мРНК) |
| |
|---|
| RefSeq (білок) |
| |
|---|
| Локус (UCSC) |
Хр. 4: 55.43 – 55.55 Mb
| Хр. 5: 76.36 – 76.45 Mb
|
|---|
| PubMed search |
[1]
| [2] |
|---|
| Вікідані |
|
CLOCK (англ. Clock circadian regulator) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 846 амінокислот, а молекулярна маса — 95 304[4].
Послідовність амінокислот
| 10
|
|
20
|
|
30
|
|
40
|
|
50
|
| MLFTVSCSKM
|
|
SSIVDRDDSS
|
|
IFDGLVEEDD
|
|
KDKAKRVSRN
|
|
KSEKKRRDQF
|
| NVLIKELGSM
|
|
LPGNARKMDK
|
|
STVLQKSIDF
|
|
LRKHKEITAQ
|
|
SDASEIRQDW
|
| KPTFLSNEEF
|
|
TQLMLEALDG
|
|
FFLAIMTDGS
|
|
IIYVSESVTS
|
|
LLEHLPSDLV
|
| DQSIFNFIPE
|
|
GEHSEVYKIL
|
|
STHLLESDSL
|
|
TPEYLKSKNQ
|
|
LEFCCHMLRG
|
| TIDPKEPSTY
|
|
EYVKFIGNFK
|
|
SLNSVSSSAH
|
|
NGFEGTIQRT
|
|
HRPSYEDRVC
|
| FVATVRLATP
|
|
QFIKEMCTVE
|
|
EPNEEFTSRH
|
|
SLEWKFLFLD
|
|
HRAPPIIGYL
|
| PFEVLGTSGY
|
|
DYYHVDDLEN
|
|
LAKCHEHLMQ
|
|
YGKGKSCYYR
|
|
FLTKGQQWIW
|
| LQTHYYITYH
|
|
QWNSRPEFIV
|
|
CTHTVVSYAE
|
|
VRAERRRELG
|
|
IEESLPETAA
|
| DKSQDSGSDN
|
|
RINTVSLKEA
|
|
LERFDHSPTP
|
|
SASSRSSRKS
|
|
SHTAVSDPSS
|
| TPTKIPTDTS
|
|
TPPRQHLPAH
|
|
EKMVQRRSSF
|
|
SSQSINSQSV
|
|
GSSLTQPVMS
|
| QATNLPIPQG
|
|
MSQFQFSAQL
|
|
GAMQHLKDQL
|
|
EQRTRMIEAN
|
|
IHRQQEELRK
|
| IQEQLQMVHG
|
|
QGLQMFLQQS
|
|
NPGLNFGSVQ
|
|
LSSGNSSNIQ
|
|
QLAPINMQGQ
|
| VVPTNQIQSG
|
|
MNTGHIGTTQ
|
|
HMIQQQTLQS
|
|
TSTQSQQNVL
|
|
SGHSQQTSLP
|
| SQTQSTLTAP
|
|
LYNTMVISQP
|
|
AAGSMVQIPS
|
|
SMPQNSTQSA
|
|
AVTTFTQDRQ
|
| IRFSQGQQLV
|
|
TKLVTAPVAC
|
|
GAVMVPSTML
|
|
MGQVVTAYPT
|
|
FATQQQQSQT
|
| LSVTQQQQQQ
|
|
SSQEQQLTSV
|
|
QQPSQAQLTQ
|
|
PPQQFLQTSR
|
|
LLHGNPSTQL
|
| ILSAAFPLQQ
|
|
STFPQSHHQQ
|
|
HQSQQQQQLS
|
|
RHRTDSLPDP
|
|
SKVQPQ
|
Кодований геном білок за функціями належить до трансфераз, активаторів, ацилтрансфераз, фосфопротеїнів.
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, пошкодження ДНК, біологічні ритми, поліморфізм.
Білок має спеціальну ділянку для зв'язування з ДНК.
Локалізований у цитоплазмі, ядрі.
Література
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
- Rutter J., Reick M., Wu L.C., McKnight S.L. (2001). Regulation of clock and NPAS2 DNA binding by the redox state of NAD cofactors. Science. 293: 510—514. PMID 11441146 doi:10.1126/science.1060698
- Ward S.M., Fernando S.J., Hou T.Y., Duffield G.E. (2010). The transcriptional repressor ID2 can interact with the canonical clock components CLOCK and BMAL1 and mediate inhibitory effects on mPer1 expression. J. Biol. Chem. 285: 38987—39000. PMID 20861012 doi:10.1074/jbc.M110.175182
- Ye R., Selby C.P., Ozturk N., Annayev Y., Sancar A. (2011). Biochemical analysis of the canonical model for the mammalian circadian clock. J. Biol. Chem. 286: 25891—25902. PMID 21613214 doi:10.1074/jbc.M111.254680
- Richards J., Gumz M.L. (2013). Mechanism of the circadian clock in physiology. Am. J. Physiol. 304: R1053—R1064. PMID 23576606 doi:10.1152/ajpregu.00066.2013
- Eckel-Mahan K., Sassone-Corsi P. (2013). Metabolism and the circadian clock converge. Physiol. Rev. 93: 107—135. PMID 23303907 doi:10.1152/physrev.00016.2012
Примітки
Див. також
|
|---|
(1) Основні домени |
|---|
| (1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
|---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
|---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
|---|
| (1.4) NF-1 | |
|---|
| (1.5) RF-X | |
|---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
|---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
|---|
| (2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | | підродина 1 | |
|---|
| підродина 2 | |
|---|
| підродина 3 | |
|---|
| підродина 4 | |
|---|
| підродина 5 | |
|---|
| підродина 6 | |
|---|
| підродина 0 | |
|---|
|
|---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
|---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
|---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
|---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
|---|
| (2.6) WRKY | |
|---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
|---|
| (3.1) Гомеобокс | |
|---|
| (3.2) Парний бокс | |
|---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
|---|
| (3.4) Фактори теплового шоку | |
|---|
| (3.5) Триптофановий кластер | |
|---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
|---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
|---|
| (4.1) RHR | |
|---|
| (4.2) STAT | |
|---|
| (4.3) p53 | |
|---|
| (4.4) MADS | |
|---|
| (4.6) TATA | |
|---|
| (4.7) Високомобільна група | |
|---|
| (4.9) Grainyhead | |
|---|
| (4.10) Домен холодового шоку | |
|---|
| (4.11) Runt | |
|---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
|---|
| (0.2) HMGI(Y) | |
|---|
| (0.3) Pocket домен | |
|---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні | |
|---|
| (0.6) Інші | |
|---|
|
|