| SOX4
|
|---|
|
|
|
| Ідентифікатори
|
|---|
| Символи
| SOX4, EVI16, SRY-box 4, SRY-box transcription factor 4, CSS10 |
|---|
| Зовнішні ІД |
OMIM: 184430 MGI: 98366 HomoloGene: 2338 GeneCards: SOX4
|
|---|
| Онтологія гена |
|---|
| Молекулярна функція |
• DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • core promoter sequence-specific DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • protein heterodimerization activity • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
|
|---|
| Клітинна компонента |
• цитоплазма • нуклеоплазма • мітохондрія • клітинне ядро
|
|---|
| Біологічний процес |
• skeletal system development • noradrenergic neuron differentiation • DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest • cardiac ventricle formation • glial cell development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • limb bud formation • regulation of protein stability • sympathetic nervous system development • somatic stem cell population maintenance • glucose homeostasis • positive regulation of canonical Wnt signaling pathway • ventricular septum morphogenesis • protein stabilization • ascending aorta morphogenesis • negative regulation of cell death • mitral valve morphogenesis • positive regulation of translation • transcription, DNA-templated • neuroepithelial cell differentiation • GO:0060469, GO:0009371 позитивна регуляція транскрипції, ДНК-шаблонна • positive regulation of Wnt signaling pathway • negative regulation of protein ubiquitination • development of the heart • pro-B cell differentiation • atrial septum primum morphogenesis • T cell differentiation • kidney morphogenesis • positive regulation of cell population proliferation • spinal cord development • positive regulation of apoptotic process • glial cell proliferation • canonical Wnt signaling pathway • positive regulation of N-terminal peptidyl-lysine acetylation • spinal cord motor neuron differentiation • cardiac right ventricle morphogenesis • neural tube formation • cellular response to glucose stimulus • endocrine pancreas development • negative regulation of cell population proliferation • positive regulation of insulin secretion • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • transcription by RNA polymerase II • диференціація клітин
|
|---|
| Джерела:Amigo / QuickGO | |
| Шаблон експресії |
|---|


 |
| Більше даних
|
| Ортологи |
|---|
| Види |
Людина |
Миша |
|---|
| Entrez | |
|
|---|
| Ensembl |
|
|
|---|
| UniProt |
|
|
|---|
| RefSeq (мРНК) |
| |
|---|
| RefSeq (білок) |
| |
|---|
| Локус (UCSC) |
Хр. 6: 21.59 – 21.6 Mb
| Хр. 13: 29.13 – 29.14 Mb
|
|---|
| PubMed search |
[1]
| [2] |
|---|
| Вікідані |
|
SOX4 (англ. SRY-box 4) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 474 амінокислот, а молекулярна маса — 47 263[4].
Послідовність амінокислот
| 10
|
|
20
|
|
30
|
|
40
|
|
50
|
| MVQQTNNAEN
|
|
TEALLAGESS
|
|
DSGAGLELGI
|
|
ASSPTPGSTA
|
|
STGGKADDPS
|
| WCKTPSGHIK
|
|
RPMNAFMVWS
|
|
QIERRKIMEQ
|
|
SPDMHNAEIS
|
|
KRLGKRWKLL
|
| KDSDKIPFIR
|
|
EAERLRLKHM
|
|
ADYPDYKYRP
|
|
RKKVKSGNAN
|
|
SSSSAAASSK
|
| PGEKGDKVGG
|
|
SGGGGHGGGG
|
|
GGGSSNAGGG
|
|
GGGASGGGAN
|
|
SKPAQKKSCG
|
| SKVAGGAGGG
|
|
VSKPHAKLIL
|
|
AGGGGGGKAA
|
|
AAAAASFAAE
|
|
QAGAAALLPL
|
| GAAADHHSLY
|
|
KARTPSASAS
|
|
ASSAASASAA
|
|
LAAPGKHLAE
|
|
KKVKRVYLFG
|
| GLGTSSSPVG
|
|
GVGAGADPSD
|
|
PLGLYEEEGA
|
|
GCSPDAPSLS
|
|
GRSSAASSPA
|
| AGRSPADHRG
|
|
YASLRAASPA
|
|
PSSAPSHASS
|
|
SASSHSSSSS
|
|
SSGSSSSDDE
|
| FEDDLLDLNP
|
|
SSNFESMSLG
|
|
SFSSSSALDR
|
|
DLDFNFEPGS
|
|
GSHFEFPDYC
|
| TPEVSEMISG
|
|
DWLESSISNL
|
|
VFTY
|
Кодований геном білок за функцією належить до активаторів.
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК.
Локалізований у ядрі.
Література
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Примітки
Див. також
|
|---|
(1) Основні домени |
|---|
| (1.1) Лейцинова застібка (bZIP) | |
|---|
| (1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH) | |
|---|
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP) | |
|---|
| (1.4) NF-1 | |
|---|
| (1.5) RF-X | |
|---|
| (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH) | |
|---|
|
|
(2) Цинк-координовані домени ДНК |
|---|
| (2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4) | | підродина 1 | |
|---|
| підродина 2 | |
|---|
| підродина 3 | |
|---|
| підродина 4 | |
|---|
| підродина 5 | |
|---|
| підродина 6 | |
|---|
| підродина 0 | |
|---|
|
|---|
| (2.2) Інші цинкові пальці Cys4 | |
|---|
| (2.3) Cys2His2 з доменом цинкових пальців | |
|---|
| (2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер | |
|---|
| (2.5) Цинкові пальці іншого складу | |
|---|
| (2.6) WRKY | |
|---|
|
|
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль |
|---|
| (3.1) Гомеобокс | |
|---|
| (3.2) Парний бокс | |
|---|
| (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль | |
|---|
| (3.4) Фактори теплового шоку | |
|---|
| (3.5) Триптофановий кластер | |
|---|
| (3.6) Домен транскрипційний енхансер | |
|---|
|
|
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом |
|---|
| (4.1) RHR | |
|---|
| (4.2) STAT | |
|---|
| (4.3) p53 | |
|---|
| (4.4) MADS | |
|---|
| (4.6) TATA | |
|---|
| (4.7) Високомобільна група | |
|---|
| (4.9) Grainyhead | |
|---|
| (4.10) Домен холодового шоку | |
|---|
| (4.11) Runt | |
|---|
|
|
(0) Інші фактори транскрипції |
|---|
| (0.2) HMGI(Y) | |
|---|
| (0.3) Pocket домен | |
|---|
| (0.5) AP2/EREBP-подібні | |
|---|
| (0.6) Інші | |
|---|
|
|